BIO :: NEXUS :: Treenblock BIO :: Nexus :: TreeBlock ist ein Perl-Modul, das den Bäumen-Block einer Nexus-Datei darstellt.
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Block Perl-Modul Bäume Nexus-Datei. Bäumeblock

BIO :: NEXUS :: Treenblock Beschreibung

Bio :: NEXUS :: TreesBlock ist ein Perl-Modul, das BÄUME Block einer NEXUS-Datei darstellt. Bio :: NEXUS :: TreesBlock ist ein Perl-Modul, das BÄUME Block eines NEXUS file.SYNOPSIS if ($ type = ~ / Bäume / i) {$ block_object = new Bio :: NEXUS :: TreesBlock ($ Block_Typ darstellt, $ Block , $ ausführlich); } Wenn ein NEXUS-Block ein Trees-Block ist, analysiert dieses Modul den Block und speichert den Baum data.METHODSnew Titel: neu Verbrauch: block_object = new Bio :: NEXUS :: TreesBlock ($ Block_Typ, $ Befehle, die ausführliche $); Funktion: Erstellt ein neues Bio :: NEXUS :: TreesBlock Objekt und liest automatisch die Datei Returns: Bio :: NEXUS :: TreesBlock Objekt Args: type (string), die Befehle / Kommentare zu parsen (array ref) und eine ausführliche Flagge (0 oder 1; optional) Klon Titel: Klon Verbrauch: my $ newblock = $ block-> Klon (); Funktion: Klon, der ein Block-Objekt (flach) Returns: Block Objekt Args: noneset_trees Titel: set_trees Verbrauch: $ block-> set_trees ($ Bäume); Funktion: Stellt die Liste der Bäume (Bio :: NEXUS :: Baumobjekte) Returns: keine argumente: ref Array von Bio :: NEXUS :: Baum objectsadd_tree Titel: add_tree Verbrauch: $ block-> add_tree ($ Baum); Funktion: In Bäume (Bio :: NEXUS :: Baumobjekt) Returns: keine argumente: ein Bio :: NEXUS :: Baum objectadd_tree_from_newick Titel: add_tree_from_newick Verbrauch: $ block-> add_tree_from_newick ($ newick_tree, $ Name_des_Baums); Funktion: Fügen Sie einen Baum (Bio :: NEXUS :: Baumobjekt) Rückgabe: keine argumente: ein Baum Zeichenfolge in Newick Format und einen Namen für den Baum (Skalare) get_trees Titel: get_trees Verbrauch: $ block-> get_trees (); Funktion: Ruft die Liste der Bäume (Bio :: NEXUS :: Baumobjekte) und kehrt es Returns: ref Array von Bio :: NEXUS :: Baumobjekte Args: noneget_tree Titel: get_tree Verbrauch: $ block-> get_tree ($ treename ); Funktion: Ruft den ersten Baum (Bio :: NEXUS :: Baumobjekt), das den Namen oder den ersten Baum gegeben einstimmt, wenn $ treename nicht angegeben ist. Wenn kein Baum Streichhölzer, kehrt undef. Rückkehr: ein Bio :: NEXUS :: Baumobjekt Args: Baumnamen oder noneset_translate Titel: set_translate Verbrauch: $ block-> set_translate ($ translate); Funktion: Setzt den Hash übersetzt für Knoten Namen Returns: keine argumente: Hash translatestranslate Titel: übersetzen Verbrauch: $ self-> translate ($ num); Funktion: Verschiebt eine Reihe mit den zugehörigen Namen. Rückgabe: integer oder String Args: integer Methode: Gibt den Namen mit dieser Nummer der übersetzten Namen verbunden. Wenn es nicht einen Verein finden, gibt die number.reroot_tree Titel: reroot_tree Verbrauch: $ block-> reroot_tree ($ outgroup, $ root_position, $ treename); Funktion: Reroot ein Baum eine OTU als neue outgroup verwenden. Rückgabe: keine argumente: outgroup Name, der Abstand vor der Grundstellung und Baum namereroot_all_trees Titel: reroot_all_trees Verbrauch: $ block-> reroot_all_trees ($ outgroup, $ root_position); Funktion: Reroot alle Bäume im treesblock Baum. verwenden, um eine OTU als neuer outgroup Returns: keine argumente: outgroup Name und Wurzel Position rename_otus Titel: rename_otus Verbrauch: $ block-> rename_otus (% Übersetzung); Funktion: Benennt Knoten auf der Grundlage einer Übersetzung Hash-Returns: keine argumente: Hash enthält Übersetzung (zB {old_name => new_name}) Kommentare: Knoten nicht in der Übersetzung Hash enthalten sind unaffectedselect_otus Name: select_otus Verbrauch: $ nexus-> select_otus (@otunames ); Funktion: Wählen Sie eine Untergruppe von OTUs Returns: ein neues Nexus-Objekt Args: ein ref Array von OTU namesselect_tree Name: select_tree Verbrauch: $ nexus-> select_tree ($ treename); Funktion: Wählen Sie einen Baum Returns: ein neues Nexus-Objekt Args: ein Baum nameselect_subtree Name: select_subtree Verbrauch: $ nexus-> select_subtree ($ inodename); Funktion: Wählen Sie eine Unterstruktur Rückkehr: ein neues Nexus-Objekt Args: einen internen Knotennamen für Unterstruktur selectedexclude_subtree Name sein: exclude_subtree Verbrauch: $ nexus-> exclude_subtree ($ inodename); Funktion: Entfernen Sie einen Teilbaum Returns: ein neues Nexus-Objekt Args: einen internen Knoten für subtree removedequals Name sein: gleich Verbrauch: $ nexus-> gleich ($ anderen); Funktion: vergleichen, wenn zwei NEXUS-Objekte sind gleich Returns: boolean Args: NEXUS Objekt-Anforderungen: · Perl.

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