BIO :: Index :: SwissProt BIO :: Index :: SwissProt ist eine Perl-Schnittstelle für die Indexierung (mehrere) swissprot .dat-Dateien (z. B. Flat-Datei SwissProt-Format).
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Perl-Modul Schnittstelle Perl Perl-Schnittstelle. SwissProt-Format.

BIO :: Index :: SwissProt Beschreibung

BIO :: Index :: SwissProt ist eine Perl-Schnittstelle für die Indexierung (mehrfache) SwissProt .dat-Dateien (z. B. Flat-Datei SwissProt-Format). BIO :: Index :: SwissProt ist eine Perl-Schnittstelle für die Indexierung (mehrere) SwissProt .dat-Dateien (z. B. Flat-Datei SwissProt-Format) .synopsis # Vollständiger Code für die Erstellung eines Index für mehrere # SwissProt-Dateien verwenden BIO :: Index :: SwissProt; Verwenden Sie streng; mein $ index_file_name = Shift; My $ Inx = BIO :: Index :: SwissProt-> NEU ('- Dateiname' => $ index_file_name, '-write_flag' => 'Write' '); $ INX-> make_index (@argv); # Ausdruck mehrerer Sequenzen, die in der Index # im GCG-Format vorhanden sind, verwenden Sie BIO :: Index :: SwissProt; Verwenden Sie Bio :: SEQIO; Verwenden Sie streng; mein $ out = bio :: seqio-> neu ('-format' => 'gcg', '-fh' => * stdout); mein $ index_file_name = Shift; MEIN $ INX = BIO :: Index :: SwissProt-> NEU ('- Dateiname' => $ Index_File_name); FOREACH MEIN $ ID (@ARGV) {MEINE $ SEQ = $ INX-> FETCH ($ ID); # Gibt BIO :: SEQ-Objekt $ out-> write_seq ($ seq); } # alternativ meine ($ ID, $ acc); Meine $ SEQ1 = $ InX-> get_seq_by_id ($ ID); Meine $ SEQ2 = $ INX-> get_seq_by_acc ($ ACC); erbt Funktionen zum Verwalten von DBM-Dateien von BIO :: Index :: abstract.pm, und bietet die grundlegende Funktionallität für die Indexierung von SwissProt-Dateien und das Abrufen der Reihenfolge von ihnen. Stark von James Gilbert's Fasta-System. HINWEIS: Für beste Ergebnisse "Verwenden Sie strict'.details auf Konfiguration und zusätzlicher Beispielcode in der Datei BIODATABASES.POD. Anforderungen: · Perl.

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