BIO :: Grep. Perl-Erweiterung zum Suchen in DNA- und Proteinsequenzen
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BIO :: Grep. Stichworte

Perl-Modul Perl Protein Dna. DNA-Sequenz suchen. Suche Proteinsequenz

BIO :: Grep. Beschreibung

Perl-Erweiterung zum Suchen in DNA- und Proteinsequenzen BIO :: Grep ist eine Perl-Erweiterung für die Suche in DNA und Proteinsequenzen.Synopsis Verwenden Sie BIO :: Grep; mein $ sbe = bio :: grep-> neu ('vmatch'); # Definieren Sie den Speicherort der Suffix-Arrays $ SBE-> Einstellungen-> datapath ('data'); MKDIR ($ SBE-> Einstellungen-> DATAPATH); # Generieren Sie jetzt ein Suffix-Array. Du musst das nur einmal tun. $ SBE-> generate_database ({file => ath1.cDNA ', Beschreibung =>' AGI-Transkripte ',}); # Suche in diesem Suffix-Array $ SBE-> Einstellungen-> Datenbank ('ath1.cdna'); # Suchen Sie nach dem umgekehrten Ergänzungen und ermöglichen Sie 2 Nicht-Mismatches $ SBE-> Einstellungen-> Abfrage ('UgaacagaAag'); $ SBE-> Einstellungen-> Reverse_Complement (1); $ SBE-> Einstellungen-> Mismatches (2); # oder Sie können FASTA-Datei mit Abfragen # $ SBE-> Einstellungen-> Query_File ('oligos.fasta') verwenden; # $ sbe-> suche (); # Alternativ können Sie die Einstellungen im Suchanruf angeben. # Dies setzt auch alles ab, außer den Pfaden und der Datenbank # (weil sie sich nicht ändern, wenn sie sich nicht ändern, wenn sie # mehrmals aufgerufen wird) $ SBE-> Suchen ({Query => agagcccct ', reverse_comprement => 1, Mismatches => 1,}); meine @ids; # Einige Informationen ausgeben! Während (meine $ res = $ sbe-> next_res) {drucken $ res-> sequenz-> id. " "; drucken $ res-> alignment_string ()." "; Push @ids, $ res-> sequence_id;} # Holen Sie sich die Gensequenzen aller Spiele als BIO :: SEQIO-Objekt. # (um eine Fasta-Datei zum Beispiel zu generieren) Meine $ SEQIO = $ SBE-> GET_EQUENCES (@IDS ); Bio-grep ist eine Sammlung von Perl-Modulen zum Suchen in DNA- und Proteinsequenzen. Es unterstützt verschiedene Back-Enden, am wichtigsten sind einige (erweiterte) Suffix-Array-Implementierungen. Derzeit gibt es kein Suffix-Array-Tool, das in allen Szenarien funktioniert ( Zum Beispiel ganze Genom-, Eiweiß- und RNA-Daten). Bio :: Grep bietet eine gemeinsame API an die beliebtesten Werkzeuge. Auf diese Weise können Sie Werkzeuge problemlos umschalten oder kombinieren. Anforderungen: · Perl.

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