BIO :: GMOD :: genericGenepage Generische GMOD-Gen-Seiten-Basisklasse
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Perl-Modul generisch Gen Generische GMOD. Gmod

BIO :: GMOD :: genericGenepage Beschreibung

Generische GMOD-Gen-Seiten-Basisklasse BIO :: GMOD :: genericGenepage ist eine abstrakte Perl-Klasse, um die Modellorganismatenbanken (Mods) einfacher zu machen, um einen einfachen XML zu ermitteln, der Attribute ihrer Gen-Modelle beschreibt. Um dies implementieren zu können, muss der Benutzer BIO :: GMOD :: genericGenepage subclass ansetzen und die unten aufgeführten Methoden als abstrakte Klassen bereitstellen. Diese Methoden werden dann von der Render_XML-Methode zum Erstellen von XML für ein bestimmtes Gen verwendet. Es gibt eine Beispielimplementierung, die in dieser Verteilung enthalten ist, BIO :: GMOD :: genericGenepage :: chado, ein Chado-Adapter für eine von SGD abgeleitete Hefe-Datenbank GFF3. Um dies für eine andere Chado-Datenbank zu implementieren, sollte es ziemlich einfach sein, die bereitgestellten Methoden zu ändern, um Ihren eigenen Adapter zu erstellen. Beispielsweise könnte Parameciumdb BIO :: GMOD :: genericGenepage :: chado und bio :: gmod :: genericGenepage :: chado :: parameciumdb erstellen und nur überschreibt die data_provider- und organism-Methoden, um einen Arbeitsadapter zu überschreiben. Datenbanken, die nicht auf Chado basieren, haben nur noch etwas mehr Arbeit, um alle abstrakten Klassen in BIO :: GMOD :: genericGenepage zu implementieren Implementierung und wird nicht mit der aktuellen Version von BIO :: GMOD :: genericGenepage.synopsis meine $ Page = BIO :: GMOD :: genericGenepage-> neu ($ gene_identifier); Meine $ XML = $ PAGE-> render_xml (); Anforderungen: · Perl.

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