BIO :: DB :: SEQFeature :: Shop BIO :: DB :: SEQFeature :: Shop ist ein Perl-Modul zum Aufbewahren und Abrufen von Sequenzannotationsdaten.
Jetzt downloaden

BIO :: DB :: SEQFeature :: Shop Ranking & Zusammenfassung

BIO :: DB :: SEQFeature :: Shop Stichworte

Lager Perl-Modul Reihenfolge Anmerkung Anmerkung Datenspeicherung. Annotationsdaten abrufen.

BIO :: DB :: SEQFeature :: Shop Beschreibung

BIO :: DB :: SEQFeature :: Store ist ein Perl-Modul zum Aufbewahren und Abrufen von Sequenzannotationsdaten. BIO :: DB :: SEQFeature :: Shop ist ein Perl-Modul für die Lagerung und das Abrufen von Sequenz Annotationsdaten.Synopsis Verwenden Sie BIO :: db :: seqfeature :: store; # Öffnen Sie die Feature-Datenbank Meine $ db = bio :: db :: seqfeature :: store-> neu (-adptor => 'dbi :: mysql', -dsn => 'dbi: mysql: test', -write => 1); # Holen Sie sich eine Funktion von irgendwo meine $ Feature = bio :: seqfeature :: generic-> neu (...); # Speichern Sie es $ db-> store ($ Feature) oder sterben Sie nicht! # Primär-ID der Funktion wird geändert, um seine primäre ID # in der Datenbank anzuzeigen ... My $ ID = $ Feature-> primär_id; # Holen Sie sich das Feature zurück meine $ F = $ db-> arm ($ ID); # Ändern Sie die Funktion und aktualisieren Sie es $ F-> Start (100); $ db-> update ($ f) oder sterben "konnte nicht aktualisiert!" # suche ... # ... by ID My @Features = $ db-> fetch_many (@list_of_ids); # ... nach Namen @Features = $ db-> get_features_byname ('zk909'); # ... by alias @Features = $ db-> get_features_by_alias ('sma-3'); # ... nach Typ @Features = $ db-> get_features_by_name ('Gen'); # ... nach Standort @Features = $ db-> get_features_by_location (-Seq_id => 'chr1', - starten => 4000, -end => 600000); # ... by Attribute @Features = $ db-> get_features_by_attribute ({Beschreibung => 'Protein Kinase'}) # ... von der GFF "Note" Field @Result_list = $ db-> suche_notes ('kinase'); # ... durch willkürliche Kombinationen von SELECTORS @Features = $ db-> Funktionen (-Name => $ Name, -Type => $ typen, -Seq_id => $ SEQID, -Start => $ Start, -END => $ enden, -attributes => $ Attribute); # ... Verwenden eines Iterators My $ iterator = $ db-> get_seq_stream (-Name => $ Name, -Type => $ typen, -Seq_id => $ SEQID, -Start => $ Start, -END => $ Ende, -attributes => $ Attribute); Während (My $ Feature = $ iterator-> next_seq) {# tue etwas mit der Funktion} # ... Begrenzung der Suche in eine bestimmte Region My $ Segment = $ db-> Segment ('CHR1', 5000 => 6000) ; Meine @Features = $ Segment-> Funktionen (-Type => ); # Erhalten und Speichern von Sequenzinformationen # WARNUNG: Dadurch wird eine Zeichenfolge zurückgegeben, und nicht ein primärseq-Objekt $ dB-> Insert_Sequence ('chr1', 'gatccccccgggattccaaaa ...'); meine $ sequence = $ db-> fetch_equence ('chr1', 5000 => 6000); # Erstellen Sie eine neue Funktion in der Datenbank Meine $ Feature = $ db-> new_feature (-primary_tag => 'mRNA', -Seq_Id => 'chr3', -start => 10000, -end => 11000); # Laden einer ganzen GFF3-Datei, mit dem GFF3-Loader ... mein $ loader = bio :: db :: seqfeature :: store :: gff3loader-> neu (-store => $ db, -verbose => 1, -Schnast => 1); $ loader-> laden ('./ my_genome.gff3'); Anforderungen: · Perl.

BIO :: DB :: SEQFeature :: Shop Zugehörige Software