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Datenbank Perl-Modul Perl Objekte speichern Berkeleydb. Berkeleydb-Datenbank.

BIO :: DB :: SEQFeature :: Shop :: BDB Beschreibung

BIO :: db :: SEQFeature :: Shop :: BDB kann Gegenstände von einem Berkeleydb holen und speichern. Bio :: db :: seqfeature :: store :: bdb kann Objekte von einem berkeleydb.bioperl einholen und speichern und gibt eine funktionale Schnittstelle zu den Hauptteilen des Pakets · SEQ ist für Sequenzen (Protein und DNA). · Bio :: PrimarySeq ist eine einfache Sequenz (Sequenzdaten + Identifiers) · Bio :: SEQ ist ein primärer BIO :: Anmerkung :: Sammlung und ein Bio :: SEQFeaturei-Objekte angehängt. · Bio :: SEQ :: RichSeq ist alle oben genannten und es verfügt über Slots für zusätzliche Informationen, die für Genbank / EMBL / SWISSPROT-Dateien spezifisch sind. · Bio :: SEQ :: largeeseq ist für Sequenzen, die zu groß sind, um in den Gedächtnis zu passen. · SEQIO ist zum Lesen und Schreiben von Sequenzen, es ist ein Frontendmodul für separate Treibermodule, die die verschiedenen Sequenzformate unterstützen · SEQFeature · Start / Stopp / Strang Anmerkungen von Sequenzen · BIO :: SEQFeature :: Generic ist Basic Catchall · Bio :: SEQFeature :: Ähnlichkeit Eine Ähnlichkeitsfolge F Stockfoto : Ergebnis :: genericresult ist das Ergebnisobjekt (eine BLAST-Abfrage ist ein Ergebnisobjekt) · BIO :: Suchen :: HIT :: generichit ist das HIT-Objekt (eine Abfrage hat 0-> viele Treffer in einer Datenbank) · Bio: : Suche :: hsp :: generichsp ist das hochrechnungssegmentpaarobjekt, das die Ausrichtung (en) der Abfrage definiert und getroffen wird. · Simplautig ist für mehrere Sequenzausrichtungen · Alignio ist zum Lesen und Schreiben mehrerer Sequenzausrichtungsformate · Die Montage bietet den Start einer Infrastruktur für Baugruppen und Montage: :: db :: GenBank / Genpept sind zwei Module, die NCBI Entrez für Sequenzen abfragen · BIO :: db :: swissprot / embl abfragen verschiedene emBl- und swiscrot-repositories für sequenzen · bio :: db :: gff ist Lincoln Steins schnell, leicht Feature- und Sequenzdatenbank, die das Backend an sein GBROWSE-System ist (siehe www.gmod.org) · BIO :: db :: flat ist eine schnelle Implementierung des obdA-Flat-Datei-Indexierungssystems (Cross-Sprache und plattformübergreifende Plattform O | / Filecache (schnelles lokales Zwischenspeicherung von Sequenzen von Remote DBs, um Ihren Zugriff zu beschleunigen). · BIO :: DB :: Registrierungsschnittstelle zur OBDA-Spezifikation für Remote-Datenquellen · BIO :: db :: Xembl Seifenzugriff auf Sequenzdatenbanken · BIO :: db :: biblio für den Zugriff auf remote bibliographische Datenbanken. · Anmerkung Sammlung von Anmerkung Objekte (Kommentare, Dblinks, Referenzen und Misc-Key / Wertepaare) · Koordinate ist ein System zur Abbildung zwischen verschiedenen Koordinatensystemen wie DNA bis Eiweiß oder zwischen den Baugruppen. · Index ist für lokal indizierte Flatfiles mit Berkeleydb · Werkzeuge enthält viele verschiedene Parsers und Funktion für unterschiedliche Bioinformatikbedarf · Genvoreigendiktionsparser (Genscan, Mzef, Gral, Genemark) · Annotationsformat (GFF) · Simulieren Restriktionsenzym-Schneiden mit Restriktionenzym, · Aufzählung von Codon-Tabellen und gültigen Sequenzen Symbole (Codontable, IUPAC) · Phylogenetisches Programm Parsing ( Paml, Molphy, Phylip) · Map genetische und physische Karten-Darstellungen · Grafiken rendern eine Sequenz mit seinen Merkmalen oder einem Sequenzanalyseergebnis. · Struktur · Analysieren und Proteinstruktur darstellen E-Daten · Treesio ist zum Lesen und Schreiben von Baumformaten · Tree ist der Namespace für alle zugehörigen Baumobjekte · Bio :: Tree :: Tree ist das grundlegende Baumobjekt · Bio :: Tree :: Knoten sind die Knoten, die das ausmachen Baum · Bio :: Tree :: Statistiken ist für Rechenstatistiken für einen Baum · Bio :: Tree :: Treefunctionssi ist, wo bestimmte Baumfunktionen implementiert sind (wie is_monophyletic und lca) · bio :: biblio ist wo bibliographische Daten- und Datenbankzugriffsobjekte werden aufbewahrt werden · Perl.

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