BIO :: Baum :: Kompatibel BIO :: Tree :: Kompatibel ist ein Perl-Modul zum Testen der Kompatibilität von phylogenetischen Bäumen mit verschachtelter Taxa.
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BIO :: Baum :: Kompatibel Beschreibung

Bio :: Baum :: Kompatibel ist ein Perl-Modul für die Kompatibilität von phylogenetischen Bäumen mit verschachtelten Taxa zu testen. Bio :: Baum :: Kompatibel ist ein Perl-Modul zum Testen von Kompatibilität von phylogenetischen Bäumen mit verschachtelter taxa.SYNOPSIS Verwendung Bio :: Baum :: kompatibel; verwenden Bio :: TreeIO; my $ input = neue Bio :: TreeIO ( '- Format' => 'Newick', '-file' => 'input.tre'); my $ t1 = $ Input-> next_tree; my $ t 2 = $ Input-> next_tree; my ($ inkompat, $ ilabels, $ Inodes) = $ t1-> is_compatible ($ t 2); if ($ inkompat) {my% cluster1 =% {$ t1-> cluster_representation}; my% cluster2 =% {$ T2-> cluster_representation}; drucken unvereinbar treesn; if (Skalar (@ $ ilabels)) {my $ label foreach (@ $ ilabels) {my $ node1 = $ t1-> find_node (-id => $ label); my $ Knoten2 = $ T2-> find_node (-id => $ label); my @ c1 = sort @ {$ cluster1 {$ node1}}; meine @ c2 = sort @ {$ cluster2 {$ Knoten2}}; drucken "label $ label"; print "cluster"; Karte {print "", $ _} @ c1; print "cluster"; Karte {print "", $ _} @ c2; print "n"; }} If (Skalar (@ $ Inodes)) {while (@ $ Inodes) {my $ node1 = shift @ $ Inodes; my $ Knoten2 = shift @ $ Inodes; my @ c1 = sort @ {$ cluster1 {$ node1}}; meine @ c2 = sort @ {$ cluster2 {$ Knoten2}}; print "cluster"; Karte {print "", $ _} @ c1; print "richtig intersects cluster"; Karte {print "", $ _} @ c2; print "n"; }}} Else {print "kompatibel treesn"; } Bio :: Baum :: Kompatibel ist ein Perl-Tool für die mit verschachtelten Taxa dargestellt Kompatibilität der phylogenetischen Bäume Prüfung als Bio :: Baum :: Baumobjekte. Es basiert auf einer aktuellen Charakterisierung der Ahnen Kompatibilität von halb-markierten Bäume in ihrer Cluster representations.A halb markierten Baum ein Stammbaum ist mit einigen seiner inneren Knoten markiert, und es kann ein Klassifikationsbaum sowie ein darstellen phylogenetischen Baum mit verschachtelten Taxa, mit markierten internen Knoten auf einer höheren Ebene der Aggregation zu Taxa entsprechende oder Verschachtelung als die ihrer descendents.Two semi-markierten Bäume sind kompatibel, wenn ihre topologische Beschränkungen auf die gemeinsamen Beschriftungen sind so, dass für jeden Knoten-Label, die kleinsten Cluster sie in jedem der Bäume enthalten, zusammenfallen und weiterhin kein Cluster in einem der Bäume schneidet richtig ein Cluster der anderen tree.Future Erweiterungen von Bio :: Baum :: Kompatibel gehören ein Bio :: Baum :: Supertree Modul für kompatible phylogenetische Bäume mit verschachtelten Taxa in eine gemeinsame SuperTree kombiniert. Anforderungen: · Perl.

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