BIO :: AnnotationCollectioni. BIO :: AnnotationCollectionI ist eine Perl-Schnittstelle für Anmerkungssammlungen.
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Perl-Modul Schnittstelle Perl Perl-Schnittstelle. Anmerkung Sammlungen

BIO :: AnnotationCollectioni. Beschreibung

BIO :: AnnotationCollectionI ist eine Perl-Schnittstelle für Anmerkungssammlungen. BIO :: AnnotationCollectioni ist eine Perl-Schnittstelle für Anmerkungssammlungen.Synopsis # Holen Sie sich irgendwie ein Anmerkungskollektion, z. B. $ AC = $ SEQ-> Anmerkung (); FORECH $ KEY ($ AC-> GET_ALL_ANNOTATION_KEYS ()) {@Values = $ AC-> Get_Annation ($ KEY); FORECH $ variage (@Values) {# Value ist ein BIO :: Annotationi, und definiert eine Methode "AS_TEXT" -Methode "Anmerkung", $ Key, "Anmerkungswert", $ value-> as_text, "n"; # Auch definiert Hash_tree-Methode, wodurch der datenorientierte # Zugriff auf dieses Objekt $ Hash = $ wert-> hash_tree () möglich ist; }} Anmerkungskollektionen sind eine Möglichkeit, eine Reihe von "interessanten Fakten" über etwas zu speichern. Wir nennen eine "interessante Tatsache" in Bioperl eine Anmerkung (dies unterscheidet sich von einer Sequenzfunktion, die als Sequenzfunktion bezeichnet wird und möglicherweise keine Anmerkungssammlung aufweist oder keine Anmerkungssammlung aufweist). Die Mühe dagegen sind wir nicht so sicher, was "interessante Fakten ist "Jemand möchte vielleicht speichern: Die Möglichkeit ist endlos.Bioperls Ansatz ist, dass die" interessanten Fakten "von BIO :: Annotationi-Objekten dargestellt werden. Die Schnittstelle BIO :: Annotationi Guarentees Zwei Methoden $ obj-> as_text (); # Zeichenfolge, die zum Anzeigen von Benutzern und $ obj-> hash_tree () angezeigt wird; # Hash mit definierten Regeln für die datenorientierte Deteththe Hash_Tree-Methode ist so konzipiert, dass er gut mit XML-Ausgang und anderen "Verschachtelungs-Tag-Daten-Werten" ist, denken Boulderio und / oder ACE-Sachen. Für weitere Informationen lesen BIO :: Annotationi DocSAndotationen werden in AnnotationCollections, jeder Anmerkung unter einem anderen "Tag" gespeichert. Die Tags ermöglichen eine einfache Erkennung der verfügbaren Anmerkungen und geben in einigen Fällen (wie das Tag "Gen_Name") an, wie die Daten unter dem Tag interpretiert werden sollen. Das Tag ist nur ein Tag tief und jedes Tag kann ein Array von Werten haben. In der Hinzufügung sind AnnotationCollectioni's Guarentee, um ein konsistent eingestellte Objektwerte unter jedem Tag aufrechtzuerhalten - zumindest dass jedes Objekt auf eine Schnittstelle entspricht. Die "Standard" AnnotationCollection besteht darauf, dass die folgenden Regeln eingerichtet sind. : Anmerkung :: SimpleValue ontologie_term bio :: Anmerkung :: Ontologyterm Referenz BIO :: Anmerkung :: Referencethese-Tags sind die implizierten Tags, die das SEQIO-System zur Rundreise-Genbank / EMBL / SWISSPROT benötigt, Sie als Benutzer und uns gemeinsam Da eine Community das "Standard" -Apping-Karting im Laufe der Zeit und speziell für einen bestimmten Bereich wachsen kann. Was in dieser Version neu ist: · Perl

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