BIO :: Alignio. BIO :: Alignio ist ein Handler für Alignio-Formate.
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Perl-Modul Perl Handler Alignio-Handler Bio Alignio. AlignIO

BIO :: Alignio. Beschreibung

BIO :: Alignio ist ein Handler für Alignio-Formate. BIO :: Alignio ist ein Handler für Alignio-Formate.Synopsis Verwenden Sie Bio :: Alignio; $ INPUTFILENAME = "testaln.fasta"; $ in = BIO :: Alignio-> Neu (-File => $ InputInDiZame, '-Format' => 'FASTA'); $ out = bio :: alignio-> neu (-file => "> out.aln.pfam",'Format '=>' pfam '); # HINWEIS: Wir zitieren -Format, um ältere Perl von der Beschwerde zu halten. während (mein $ aln = $ in-> next_aln ()) {$ out-> write_aln ($ aln); } #oder nutzen bio :: alignio; $ INPUTFILENAME = "testaln.fasta"; $ in = BIO :: Alignio-> Newfh (-File => $ InputFileName, '-Format' => 'Fasta'); $ out = BIO :: Alignio-> Newfh ('- Format' => 'pFAM'); # Weltkürzester FastaPfam-Format-Konverter: Drucken $ out $ _ Während; BIO :: Alignio ist ein Handlermodul für die Formate im Alignio-Set (z. B. BIO :: Alignio :: Fasta). Es ist die offiziell sanktionierte Art, an den Ausrichtungsgegenständen zu gelangen, was die meisten Menschen verwenden sollten. Die resultierende Ausrichtung ist ein Bio :: ALIGN :: Aligni-konformes Objekt. Siehe BIO :: ALIGN :: Aligni für weitere Informationen. Die Idee ist, dass Sie ein Stream-Objekt für ein bestimmtes Format anfordern. Alle Stream-Objekte haben einen Begriff einer internen Datei, die ausgelesen oder geschrieben wird. Eine bestimmte Alignio-Objektinstanz ist für entweder für die Eingabe oder Ausgabe konfiguriert. Ein bestimmtes Beispiel für ein Stream-Objekt ist das BIO :: Alignio :: Fasta Object.Jede Stream Object hat Funktionen $ Stream-> next_aln (); und $ Stream-> write_aln ($ aln); Auch $ Stream-> Typ () # Gibt 'Input' oder 'Output'as einen hinzugefügten Bonus zurück, Sie können einen FileHandle wiederherstellen, der an das Alignio-Objekt gebunden ist, wodurch Sie den Standard- und Druckvorgängen verwenden können, um Sequenzobjekte zu lesen und zu schreiben: Verwenden Sie BIO :: Alignio; # Lesen von Standardeingang $ bream = bio :: alignio-> newfh (-format => 'Fasta'); während ($ aln =) {# tut etwas mit $ aln} und drucke $ Stream $ aln; # Wenn sich der Stream in der Ausgangsausgabe befindet, macht modethis die einfachste REATTERATTER #! / usr / local / bin / perl $ format1 = Schicht; $ format2 = Schicht || Die "Verwendung: Reformatatformat1 Format2 Ausgabe"; Verwenden Sie Bio :: Alignio; $ in = BIO :: Alignio-> Newfh (-Format => $ Format1); $ out = bio :: alignio-> newfh (-format => $ format2); # HINWEIS: Sie möchten vielleicht -Format zitieren, um # ältere Perls von der Beschwerde zu halten. Drucken $ out $ _, während <$ in>; alignio.pm auf dem Modul SEQIO.PM strukturiert ist und die meisten SEQIO.PM-Funktionen angeben. Ein erheblicher Unterschied ist derzeit, dass Alignio.pm in der Regel für eine einzige Ausrichtung zu einem Zeitpunkt geltend ist (SEQIO.PM-Griffe io für mehrere Sequenzen in einem einzigen Strom.) Der wichtigste Grund dafür ist, dass gleichzeitig mehrere Sequenzen ein übliches Handling handelt Anforderung, gleichzeitige Handhabung mehrerer Ausrichtungen ist nicht. Die einzige aktuelle Ausnahme ist das Format "BL2SEQ", das die Ergebnisse des BLAST BL2SEQ-Programms analysiert und mehrere Ausrichtpaare erstellen kann. Dieser Satz von Ausrichtungspaaren kann mit mehreren Anrufen an next_aln.Capability für mehr als eine mehr als eine mehreren Ausrichtungen gelesen werden - außer für das BL2SEQ-Format - (das möglicherweise für bestimmte Anwendungen wie IO für PFAM-Bibliotheken verwendet werden kann) in eingebunden die Zukunft. Aus diesem Grund halten wir den Namen "next_aln ()" für die Ausrichtungs-Eingaberoutine, auch wenn in den meisten Fällen nur eine Ausrichtung auf einmal gelesen (oder geschrieben) und der Name "Read_Aln ()" ist möglicherweise angemessener. Anforderungen: · Perl.

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