BIO :: Alignio :: BL2SEQ BIO :: Alignio :: BL2SEQ ist ein BL2SEQ-Sequenz-Ein- / Ausgangsstrom.
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BIO :: Alignio :: BL2SEQ Ranking & Zusammenfassung

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Perl-Modul Reihenfolge bl2seq-Sequenz Eingabe- / Ausgabestrom BL2SEQ. Input-Output

BIO :: Alignio :: BL2SEQ Beschreibung

BIO :: Alignio :: BL2SEQ ist ein BL2SEQ-Sequenz-Ein- / Ausgangsstrom. BIO :: Alignio :: BL2SEQ ist ein BL2SEQ-Sequenz-Ein- / Ausgangsstrom.SynopsisDo Verwenden Sie dieses Modul nicht direkt. Verwenden Sie es über die Bio :: Alignio-Klasse, wie in: Verwenden Sie Bio :: Alignio; $ in = BIO :: Alignio-> Neu (-File => "InputFileName", '-Format' => 'BL2SEQ'); $ aln = $ In-> next_aln (); Dieses Objekt kann BIO :: SimplyNign-Sequenz-Ausrichtungsobjekte (von 2 Sequenzen) von BL2SEQ-BLAST-Berichten erstellen - Es kann verwendet werden, um 2 Sequenzen auszurichten und ein Simplex-Objekt von ihnen auszurichten, das dann mit irgendeiner SimplyAtaLign.pm-Methoden manipuliert werden kann, z. t / amino.fa ',' -Format '=>' Fasta ',); mein $ seq3 = $ str-> next_seq (); mein $ seq4 = $ str-> next_seq (); # Run BL2SEQ auf ihnen $ Factory = BIO :: Tools :: StandaloneBrast-> NEU ('Programm' => 'blastp', 'Outfile' => 'bl2seq.out'); My $ BL2SEQ_REPORT = $ Factory-> BL2SEQ ($ SEQ3, $ SEQ4); # Verwenden Sie Alignio.pm, um ein Simplex-Objekt aus dem BL2SEQ-Bericht zu erstellen $ aln = $ str-> next_aln (); Anforderungen: · Perl

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