 | Avdist AVDIST ist ein einfaches Werkzeug für die Bootstrap-Analyse von Haplotyp-Unterschieden. |
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Avdist Ranking & Zusammenfassung
- Name des Herausgebers:
- Lars Arvestad
- Website des Verlags:
- http://prime.sbc.su.se/primetv/
Avdist Stichworte
Avdist Beschreibung
AVDIST ist ein einfaches Werkzeug für die Bootstrap-Analyse von Haplotyp-Unterschieden. Avdist ist ein einfaches Werkzeug für die Bootstrap-Analyse von Haplotyp-Unterschieden. Es berechnet den Hamming-Abstand zwischen den Paaren von Sequenzen, die von den Eingangssequenzen abgetastet werden, und präsentiert durchschnittliche Differenz und Standarderfassung der Ergebnisse nach einiger Anzahl von Iterationen. Eine vorherige Version dieses Tools wurde für verwendet SAVOLAINEN et al in der Wissenschaft 2003.Usage: AVDIST Argumente Die Anzahl der Zeiten, in der die Probenahme ausgeführt wird. Sampulatisieren Sie die Anzahl der Sequenzen in jeder Probe. Muss weniger als die Anzahl der Sequenzen in der Datei sein. SEQFILE-Name der Datei mit Sequenzen auf vereinfachtem GDE- oder FASTA-Format. Erste ein Sequenzkennung, der von '#' oder '>' vorangestellt wird, dann eine neue Zeile mit der ganzen Reihenfolge darauf. Notiz! Die Sequenz darf nicht mehrere Zeilen einwickeln! Alte eine Zahl zwischen 1 und Anzahl der Sequenzen in der Datei, auf die darauf hinweist, auf welche Reihenfolge der Abstand gemessen wird. Wenn 0, melden wir nur den durchschnittlichen Unterschied zwischen jedem Paar von Sequenzen in der Probe. Optionen: -V-MOBOSE-Modus. Präsentiert weitere Informationen zu stderr. -m Verwenden Sie keine Multiplizität! Dadurch wird auch Ihre Sequenz unabhängig von einer Null-Multiplizität abgetastet. -i Aussosenmodus. Präsentiert weitere Informationen zu stderr. Die Multiplizität, dh Anzahl der zählten Male, einer Sequenz wird aus der ID-Linie entnommen. Zum Beispiel in der folgenden Sequenzdatei> Namens13 AAGTACGT ...> NAME250 AAGTAAGT ...> Ancient 0 AAGTACGT ... Die erste Reihenfolge wird dreimal registriert, und der zweite wird 50-mal registriert. Wenn Sie nicht möchten, dass Ihre alte Sequenz abgetastet wird, dh, wenn es tatsächlich nicht in den beobachteten Sequenzen ist, stellen Sie sicher, dass Sie die Multiplizität davon auf Null setzen! Siehe Beispiel oben.
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