Ausneigneten Alignaid ist ein Perl-Modul, das einfach Sequenzausrichtungen lokal oder auf einem Cluster ausführen kann.
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Ausneigneten Beschreibung

Alignaid ist ein Perl-Modul, das einfach Sequenzausrichtungen lokal oder auf einem Cluster ausführen kann. Alignaid ist ein Perl-Modul, das problemlos Sequenzausrichtungen lokal oder auf einem Cluster ausführen. Synopsis verwenden ausländisch; # Erstellen Sie ein AlignaID-Objekt 'V = 20 -nonnegok'); # Führen Sie den Job auf dem aktuellen Host aus, um meine $ Return_Value = $ Job-> Senden (Outfile => 'my_results.out'); # Erstellen Sie ein Alignaid cross_match-Objekt # Geben Sie das Ausrichtungsprogramm an, und die Warteschlange, um die Standardeinstellungen zu überschreiben => 'my_query_seqs.fa', Warteschlange => 'lsf'); # Senden Sie den CROSS_MATCH-Jobs an eine LSF-Warteschlange (von Compute-Knoten) My $ Return_Value2 = $ job2-> Senden (Outfile => 'my_output'); # Töte den Warteschlangenjobs My $ Return_Value3 = $ job2-> kill_all; Alignaid ist so konzipiert, dass er einfach die Reihenfolgeausrichtprogramme blockieren und cross_match ausführen kann. Alignaid kann eine große Anzahl von Abfragesequenzen akzeptieren. Wenn eine Compute-Cluster-Warteschlange wie LSF oder PBS verfügbar ist, kann ALIGNAid die Abfragen automatisch in mehrere Warteschlangenjobs aufteilen. kümmert sich darum, die Ausrichtungsprogramme aufzurufen und die Ausgabe zu verwalten. EIGIGNTAid hat auch eine rudimentäre Unterstützung für die LSF-Warteschlange-Jobsteuerung. Es ist möglich, Jobs durch Alignaids-Schnittstelle zu töten. Was neu in dieser Version ist: · Perl

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