Asgard Asgard ist eine metabolische Pathway-Rekonstruktionssoftware.
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Asgard Ranking & Zusammenfassung

Asgard Stichworte

Stoffwechselweg Wegrekonstruktion. Biologische Sequenz Annotation. Stoffwechsel- Weg Wiederaufbau

Asgard Beschreibung

ASGARD ist eine Stoffwechselweg Rekonstruktionssoftware. ASGARD ist ein Stoffwechselweg Rekonstruktionssoftware, sondern erzeugt auch andere Arten von biologischen Sequenz Annotation (GO-Nummern, BLAST Berichte). ASGARD-Tool soll in UNIX-ähnlichen Systemen ausgeführt werden soll, und unterstützt SGE oder PBS.ASGARD und deren Dokumentation sind unter der GNU GPL v.3 und GNU FDL v freigegeben. 1.2 (bitte doc / KOPIE und doc / DOC_LICENSE für die sehen Lizenzen) .Obwohl EMBOSS wird auch unter der GPL veröffentlicht, wird der Quellcode nicht mit ASGARD enthalten, da die darin enthaltenen Binärdateien ohne Änderungen aus dem ursprünglichen zusammengestellt wurden. Wenn Sie den Quellcode für Splitter möchten, bitte kontaktieren Sie mich, oder erhalten sie direkt von der EMBOSS distribution.Please das Handbuch (doc / ASG_manual.pdf) im Verzeichnis / doc Einzelheiten zur Installation und Verwendung von ASGARD und Begleit utilities.Options : -v zeigt Programmversion und Ausgänge; -h zeigt diese Hilfenachricht und beendet; Dieses Programm kann entweder mit langen DNA-Sequenzen oder Genen bemessen DNA- oder Proteinsequenzen ausgehend ausgeführt werden. -w verwenden Sie diese Option, wenn Sie kleine Sequenzen mit Anmerkungen versehen haben - sie werden nicht in kleinere Sequenzen für BLAST gebrochen werden. (Standard: lange Sequenzen) - GFF-Datei nicht erstellt wird, -g und es ignoriert werden; -B tut erste BLAST gegen allgemeine DB und nur Anschlag (keine metabolische Rekonstruktion); -q aus der zweiten Stufe der Pipeline (BLAST gegen General DB zuvor durchgeführt) beginnen; -z tun erst im letzten Schritt der Pipeline (zweite, reverse BLAST bereits geschehen); Mandatory: -i FASTA Datei mit der Sequenz (en) Sie wollen mit Anmerkungen versehen; -p BLAST-Programm zu verwenden, von BLASTN, BLASTP, blastx, tblastn oder tblastx (die BLAST-Dokumentation, wenn Sie nicht wissen, welche zu benutzen); -d BLAST-Datenbank zu verwenden (erzeugt durch formatdb finden BLAST docs, für metabolische Rekonstruktionen wird diese Datenbank idealerweise von SwissProt abgeleitet, für die allgemeine BLAST nur, wird jede Datenbank tun); * -f Datei mit FASTA-Sequenzen an die BLAST-Datenbank entsprechen; -l Lage von Mapping-Dateien, für die letzten Schritt der Rekonstruktion benötigt (-Z); Optional: -er E-Wert in BLAST-Suche verwendet werden (Standard: 1e-6); -P senden Sie keine Jobs zu Scheduling-Software (PBS / SGE); -j maximale Anzahl von Treffern in jeder BLAST-Suche (10) zurückzukehren; -m Ausgabeformat für BLAST Ergebnisse (gilt nur für -B, Standard: 8); -s Größe der ursprünglichen Sequenz zu brechen, wenn Sie sich nicht mit -w werden (500 bp); -n Anzahl von Knoten für BLäST, erste Iteration (10) zu verwenden; -a Anzahl von Prozessoren pro Knoten zur Verwendung für jeden BLAST-Befehl (1); -k halten Intermediär-Dateien (BLAST-Datenbanken und Ergebnisse), Standard sie löscht - sie viel Platz in Anspruch nehmen können. -b zusätzliche Parameter, die Sie für BLAST verwendet werden soll, muss dies durch Anführungszeichen (Doppel- oder Einzelzimmer) umgeben sein, wie -F F oder F F, zum Beispiel, oder der Ausgang falsch.

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