Prosat

Proteinrückstand Anmerftoolkit
Jetzt downloaden

Prosat Ranking & Zusammenfassung

Anzeige

  • Rating:
  • Lizenz:
  • Freeware
  • Name des Herausgebers:
  • Huzefa Rangwala
  • Betriebssysteme:
  • Windows All
  • Dateigröße:
  • 363 KB

Prosat Stichworte


Prosat Beschreibung

Das ProSat-Toolkit wurde entwickelt, um ein Satz von Programmen zu sein, mit denen das Bauen von SVM-basierten Modellen zum Annotieren von Aminosäureresten in Proteinsequenzen unter Verwendung von benutzergerichteten Funktionen (wie PSI-BLAST-Profile oder PSIPRED-Profile) ermöglicht. Insbesondere erstellt das Toolkit Merkmale mit einem Fenster um den Rückstand und ist zusammen mit einer speziellen Kernelfunktion (Normalized Second Order Exponential Kernelfunktion NOE) zusammen mit der Standard-SVM-Kernel-Funktion ausgestattet. ProSat_Learn ist das Programm, um "n" ein-gegen-Rest-Klassifizierungsmodelle lernen, wobei n die mögliche Anzahl von Anmerkungen ist. Es kann auch ein Support-Vektor-Regressionsmodell erlernen, um einen schwebenden Punktwert vorherzusagen. Verwendung ProSat_Learn ProSat_PREDICT ist das Programm, um die Anmerkung für jeden Rückstand von den eingebauten Modellen vorherzusagen und ein L xn-Dimensionsprofil auszugeben, das die Punktzahl von jedem der N one-versus- Rest SVM-Modelle für jeden Aminosäurerest und L ist die Länge der Proteinsequenz. Im Falle eines Regressionsmodells n = 1. Verwendung ProSat_Predict. Eingang ProSat_Predict hat drei erforderliche Parameter: - Testdatei: Die Testdatei enthält die Liste der Sequenzfunktionen, für die wir die Anmerkungsprofile vorhersagen müssen. Es ist ähnlich der in ProSat_learn verwendeten Eingabedatei, außer dass es nicht die Namen der True Annotation-Dateien enthält, da wir das gleiche vorhersagen. - Modelldatei: Die Modelldatei ist die von ProSat_Learn ausgegebene Modelldatei - Vorhersagedatei: Die Vorhersagedatei bietet den Pfad und das Präfix der Ausgabevorhersagen in Form von Anmerkungsprofilen. Ausgang Der Ausgang besteht aus einer Reihe von vorhergesagten Annotationen und Profilen, die nur die SVM-Vorhersagen von jedem der "Num-Element" -S-SVM-Modelle sind.


Prosat Zugehörige Software