Ontomine Ontomin ist eine Data Mining-Software, die für den automatisierten molekularen Bergbau für Bioaktivität, Toxizität und Nebenwirkungsvorhersage verwendet wird. Ontomine basiert auf experimentell bestimmten Eigenschaften von rund 100,0
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Ontomine Ranking & Zusammenfassung

Ontomine Stichworte

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Ontomine Beschreibung

Eine Data Mining-Software, die für den automatisierten molekularen Bergbau für Bioaktivität verwendet wird Ontomine ist eine Data Mining-Software, die für den automatisierten molekularen Bergbau für Bioaktivität, Toxizität und Nebenwirkungsvorhersage verwendet wird. Ontomine basiert auf experimentell festgelegten Eigenschaften von rund 100.000 diversen kleinen Molekülen, die aus Datenbanken, Enzyklopädien und anderen Literatur gesammelt wurden, gefolgt von Expertenhandkörpern. Dieser Datensatz wird in hierarchische Bäume formuliert, die aus mehreren Tausenden von Bioaktivitäten, Drogenzielen, Therapeutika, Nebenwirkungen und Toxizitäten zusammengesetzt sind. Jede Klasse wird durch einen Fingerabdruck für die verwandten Moleküle für ihre molekularen Eigenschaften, wie Anwesenheit / Abwesenheit / Zählungen von Seitenketten / chemischen Aktivitäten, Ringstrukturen usw. dargestellt. Ontomine und Vergleich mit anderen vorhandenen Methoden Andere derzeit verwendeten Bioaktivitätsvorhersageansätze können in drei Kategorien eingestuft werden: * Graph Theoretische und Unterkonstruktion, topologische und physikochemische Chemische Deskriptoren * Maximale gemeinsame Unterkonstruktionen, Fingerabdrücke Ähnlichkeiten und Maschinenlernmethoden * Atom-Nachbarschaftsmethoden Diese Methoden sind jedoch derzeit durch Faktoren wie Entfernungsmetrikenabhängigkeit begrenzt, Cut-offs, die nicht repräsentativ sind, nicht für die Aktivität repräsentativen QSAR-Modellen auf verschiedenen Ebenen, z. Drogenziele, Bio-Prozesse und therapeutische Fläche sowie Interpretation der Ergebnisse. Ontomine (US patentiert) ist alternativ zu diesen Verfahren, wodurch die strukturellen Informationen für chemische, biologisch oder pharmakologisch verwandte Moleküle in ein hierarchisches Schema von Konzepten und Deskriptoren umgewandelt werden. Ontomine entdeckt Muster im verwandten Schema und prognostiziert die biologische Tätigkeit, wobei die von der Analyse der Muster abgeleiteten Regeln verwendet werden. Ein erheblicher Vorteil von Ontomine-Algorithmen besteht darin, dass sie den Gerüstsprung ermöglichen, da das Kerngerüst nicht konserviert ist, wenn Muster, die für eine Aktivität charakteristisch sind, entdeckt werden. Ontomin-Muster repräsentieren "notwendige, aber nicht ausreichende" Bedingungen für die Bioaktivität unabhängig von einem Gerüst. Der explizite Gerüstsprung kann durch Erzeugen von konstitutionellen Isomeren durchgeführt und mit der Regelbasis interessante Moleküle ausgewählt werden. Die Ergebnisse von Ontomin werden als einfache verständliche Muster dargestellt, die für die Aktivität repräsentativ sind. Darüber hinaus sind Ontomin-Vorhersagen auf Millionen von Molekülen skalierbar. Darüber hinaus können die kuratierten Ontomin-Datensätze mit internen Datensätzen der gemessenen Molekülaktivitäten von hauseigenen Verbundsammlungen angehängt werden.

Ontomine Zugehörige Software