Navigator Protein-Protein-Interaktionsnetze-Visualisierungssoftware.
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Navigator Beschreibung

Navigator ist eine praktische, einfach zu bedienende Anwendung, die speziell entwickelt wurde, um Protein-Protein-Interaktionsnetze zu visualisieren und zu analysieren. Navigator kann Ophid / I2D - Online-Datenbanken von Interaktionsdaten - und Display-Netzwerke in 2D oder 3D anzeigen. Um Skalierbarkeit und Leistung zu verbessern, kombiniert Navigator Java mit OpenGL, um ein 2D / 3D-Visualisierungssystem auf mehreren Hardwareplattformen bereitzustellen. Dieses Tool bietet auch analytische Funktionen und unterstützt Standard-Import- und Exportformate wie GO und die Proteomics-Standards Initiative (PSI). Haupteigenschaften: Navigator kombiniert ein in OpenGL implementiertes Visualisierungssystem mit einer grafischen Benutzeroberfläche und analytischen Algorithmen, die in Java implementiert sind. -Netzwerke können aus einer Datei geladen werden (Tab-Delimited, Navigator XML, BIOPAX- oder PSI-Formate) oder kann dynamisch erstellt werden, indem eine visuelle Abfrage an OPHID / I2D (interoPrologische Interaktionsdatenbank - eine Online-Datenbank von bekannten, ausführt. HTP und vorhergesagte Protein-Protein-Wechselwirkungen für Mensch, Ratte, Maus, Fliegen, Wurm und Hefe) oder CPPath. Der Navigator-Arbeitsbereich unterstützt mehrere Netzwerkplatten, die durch Schneiden, Kopieren und Kleben von Knoten und Kanten manipuliert werden können. -Netzwerke können in tab-begrenzten, Navigator-XML-, PSI- oder Pyjek-Formaten und mehreren grafischen Formaten (BMP, JPG, TIFF, SVG, PDF) exportiert werden. Netzwerke können in 2D und 3D betrachtet werden. -Knoten können mit einer Mischung aus automatischem Kraft-gerichteten Layout und manueller Platzierung positioniert werden. Einer der verwendeten automatischen Layoutalgorithmen ist ein multi-steigender kraftgerichteter Layoutalgorithmus, der als Griff namens Grip (Graphenzeichnung mit intelligenter Platzierung) Subnetze, die hoch miteinander verbunden sind, und Knoten, die Hubs sind (d. H. Das Interagieren mit vielen anderen Knoten), können automatisch zur Hilfsanalyse identifiziert werden. Gruppen von Knoten können entweder manuell oder automatisiert in zusammengesetzte Knoten zusammengebrochen werden. Subsets eines Netzwerks können mit Standard-Set-Vorgängen wie Union, Kreuzung und Differenz verbüßt und manipuliert werden. Die Opazität von Knoten und Kanten kann eingestellt werden, um den Kontrast von Elementen im Netzwerk zu ändern und ausgewählte Elemente zu betonen.

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