Kohle Ein kleines Werkzeug zum Berechnen von Gen-Baumwahrscheinlichkeiten
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Kohle Ranking & Zusammenfassung

Kohle Stichworte

Formel Topologie Gen Kohle-Extinktionsrechner Konsumwachstum Kohleaussterbung. Lie-Algebra-Tool Lüge Algebra. Gene

Kohle Beschreibung

Das Kohleprogramm wurde entwickelt, um ein kleines Werkzeug für die Berechnung von Gen-Baumwahrscheinlichkeiten und Simulation von Genbäumen in Artenbäumen unter dem Koaleszentenmodell zu sein. Haupteigenschaften: berechnet Wahrscheinlichkeiten der Gen-Tree-Topologien mit einem festen Artenbaum mit in Koaleszenten-Einheiten angegebenen Verzweigungen (Anzahl der Generationen, die durch die doppelte effektive Bevölkerungsgröße für eine dynamische Bevölkerung geteilt sind). Beide Bäume werden davon ausgerichtet, dass sie verzweigen werden, obwohl Arten-Baumzweiglängen auf Null eingestellt werden können, um dies zu erreichen. Mehrere (oder null) Personen, die innerhalb von Arten abgetastet werden, sind zulässig, aber die Notation ist spezifisch; Etiketten für Einzelpersonen sollten der Art der Art sein, gefolgt von einem Bindestrich, dann eine Zahl. Wenn beispielsweise ein Artenname ist, dann sollten Gene, die von A abgetastet sind, als A-1, A-2 usw. bezeichnet werden Es gibt drei Eingabedateien: eine Art-Baumdatei mit Artenbäumen in Newick-Format; eine Gen-Baumdatei, mit Genbäumen im Newick-Format; und eine Eingabedatei mit Befehlen, einschließlich der Namen der Art und der Gen-Baumdateien, der Anzahl der Taxa und der Ausgabeoptionen. Ausgabeoptionen ermöglichen die aufgeführten oder nicht. Wenn ja, können symbolische Formeln für Genbaumwahrscheinlichkeiten in Bezug auf P_ {UV} -Angröße angegeben (siehe Papier). Andere Optionen umfassen das Drucken der Gen-Tree-Topologie, die kumulative Wahrscheinlichkeiten von kumulativen Wahrscheinlichkeiten für Genbäume innerhalb jedes Artenbaums und zählen die Anzahl der Koalent-Historien. Siehe die Hilfedatei für verschiedene Optionen. Genbäume können in Artenbäumen simuliert werden. Derzeit beschränkt sich dies auf das einzige Gen pro Artenfall und erfordert ständige Bevölkerungsgrößen im Artenbaum. Gene Bäume werden erzeugt, sodass die Teilbäume einzigartig gedreht werden. Wenn beispielsweise ((a, b), c) ein Teilbaum ist, (C, (A, B)) wird nicht erzeugt.

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