mmass mehrere Module und Werkzeuge für die Proteinsequenz-Handhabungs- und Massenspektrum-Interpretation
Jetzt downloaden

mmass Ranking & Zusammenfassung

mmass Stichworte

Analyse Zuschauer Datenanalyse Bildinterpretation Deutung Astrologische Interpretation. Proteinsequenz Protein-Konsensussequenz massenspektrometrisch. Spektrumbetrachter spektrometrisch. Proteinsequenz analysieren Eiweißsequenz-Logo generieren Proteinsequenz-Logo-Ersteller Protein-Sequenz-Logo anzeigen Vergleichen Proteinsequenz Proteinsequenz anzeigen Proteinsequenz-Visualisierung. Proteinsequenz herunterladen. Proteinsequenz-Downloader Proteinsequenz Proteinsequenz ausrichten Proteinsequenzausrichtung. Massenspektrum-Viewer.

mmass Beschreibung

Programm mmass präsentiert ein Open-Source-Multi-Platform-Paket von einfachen Werkzeugen für die massenspektrometrische Datenanalyse. Die MMASS-Anwendung besteht aus mehreren Modulen und Werkzeugen für die Proteinsequenz-Handhabungs- und Massenspektrum-Interpretation mit Fokus auf gemeinsame proteomische Aufgaben. Haupteigenschaften: Multiple-Format-Unterstützung: MMASS unterstützt mehrere Massenspektrometrieformate wie MZDATA und MZXML. Massenspektren- oder Peaklist-Daten können auch problemlos aus einfachen ASCII-Dateien importiert werden, die aus zwei Spalten (M / Z-Werten und Intensitätswerte) bestehen, die durch eine Lasche, einen Raum, ein Komma oder ein Semikolon getrennt sind. Darüber hinaus gibt es eine Unterstützung für native Daten aus den Instrumenten der Bruker Daltonic Flex-Serie. Eine der beliebtesten Funktionen von MMASS ist die Möglichkeit, ein leeres Dokument zu öffnen und manuell eine Peaklist zu erstellen. Diese Funktion ist besonders nützlich in den Fällen, in denen das Spektrum-Bild oder die gedruckte Liste von beschrifteten Peaks nur verfügbar ist. Datenverarbeitung: Schließlich gibt es Verarbeitungsfunktionen wie die automatische Peak-Picking, Deissotoping, Grundkorrektur und Glättung. Kalibrierung: Zwei Methoden sind für die Datenerklärungen verfügbar. Die interne Kalibrierung ist die klassische Kalibrierungsmethode mit internen Referenzwerten. Eine umfangreiche Liste der internen Referenzwerte ist verfügbar, und neue Werte können problemlos hinzugefügt werden. Die statistische Kalibrierung, manchmal als Selbstkalibrierung bezeichnet, ist eine spezielle Methode für Peptidmassenspektren. Bei beiden Methoden kann entweder linearer oder quadratischer Anpassungen verwendet werden. Sequenzwerkzeuge: MMASS stellt einen internen Sequenz-Editor bereit, der verwendet werden kann, um jedes Protein- oder Peptidsequenz an anderen Modulen zur Verfügung zu stellen. Jede Änderung kann entweder als feststehend oder variabel angewendet werden. Das Protein-Digest-Werkzeug kann verwendet werden, um eine Liste von Peptiden zu erzeugen, die sich aus dem in Silico enzymatischen oder chemischen Verdau der angegebenen Proteinsequenz erzeugt. In ähnlicher Weise erzeugt das Peptid-Fragmentierungswerkzeug eine Liste von gängigen Peptidfragmenten. In beiden Fällen werden alle möglichen Kombinationen variabler Änderungen berechnet und das Ergebnis kann leicht mit Messdaten verglichen werden. Darüber hinaus kann Sequenz nach einem bestimmten Peptidmasse nach dem Sequenzsuchwerkzeug durchsucht werden, um nicht spezifische Spaltung usw. zu identifizieren. Massenrechner: Massenrechnerwerkzeug kann verwendet werden, um ein isotopisches Muster der gegebenen Formel zu simulieren, und erzeugtes Profilspektrum kann leicht mit echten Daten verglichen werden. Compound-Suche: Compound Search Tool kann verwendet werden, um nach jeder vom Benutzer angegebenen Verbindung im Spektrum zu suchen. Jede Verbindung ist als molekulare Formel angegeben, daher kann sowohl monoisotopische als auch durchschnittliche Masse mit jeder Ladung durchsucht werden. Zusätzlich können einige Addukte auch gesucht werden. Peak-Unterschiede: Die Interpretation von Massenspektren beinhaltet typischerweise eine scheinbar nie endende Überprüfung der Unterschiede zwischen allen Gipfeln in einem Spektrum. Die Spitzenunterschiedewerkzeuge können jedoch einfach eine Tabelle aller Unterschiede zwischen den Gipfeln in der Peakliste erstellen. Diese Tabelle kann dann verwendet werden, um innerhalb einer bestimmten Toleranz automatisch in einer bestimmten Toleranz zu vergleichen, wobei jeder Unterschied mit den jeweiligen Massen aller Aminosäuren, berechneten Dipeptiden oder einem bestimmten Massenwert berechnet wird. Maskottchen Suche: Obwohl Massenspektrometrie ein sehr beliebtes Werkzeug für die Proteinidentifikation ist, wäre dies nicht möglich, ohne dass die Werkzeuge öffentlich online verfügbar sind. MMASS bietet eine Schnittstelle, mit der Daten direkt an die drei Hauptwerkzeuge gesendet werden können, die auf der Maskottelwebsite verfügbar sind. Peptid-Massen-Fingerabdruck, Sequenzabfrage und MS / MS-Ionensuche.

mmass Zugehörige Software