jmodeltest Phylogenetic-Modell-Mittelwertbildung
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jmodeltest Ranking & Zusammenfassung

jmodeltest Stichworte

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jmodeltest Beschreibung

Jmodeltest ist eine wissenschaftliche Anwendung, die eine Auswahl von Nukleotid-Substitutionen durchführen kann, die in der DNA-Analyse nützlich ist, mit Unterstützung für große Datenpakete. Es ist ein Open-Source-Plattformprojekt, das Studenten, Lehrer sowie Forscher im DNA-Feld abzielt. Die meiste Analyse erfolgt automatisch, jedoch wird erwartetes Nukleotide-Wissen vom Benutzer erwartet, hauptsächlich für die Interpretation der Ergebnisse. Jmodeltest setzt auf die Java-Laufzeitumgebung, die erfolgreich ausgeführt wird, aber das ist die einzige Abhängigkeit, die Sie zur Verfügung stellen müssen. Es wird in ein tragbares Paket eingewickelt, daher ist keine Installation erforderlich. Die Schnittstelle von JMODOTELTST ist ziemlich einfach, aber die innen eingebetteten Funktionen sind komplexer. Die meisten GUI widmen sich der Analyse der Daten und den Berichten, die sich aus diesem Prozess ergeben, der je nach den in der Quelldatei enthaltenen Informationen recht langwierig sein kann. Es gibt fünf verschiedene Auswahlstrategien und diese sind in das Analysemenü wie folgt eingebettet: AIC (AAAYE Information-Kriterium), BIC (Bayesian-Informationskriterium), DT (Entscheidungstheorie), HLRT (hierarchische Wahrscheinlichkeitsverhältnis-Tests) und phylogene Mittelwertbildung. Alle diese können vor dem eigentlichen Analysevorgang konfiguriert werden; Beispielsweise können Sie das Konfidenzintervall einstellen oder die Anwendung einstellen, um eine Modellmittelung durchzuführen. Um loszulegen, können Sie das Programm auch anweisen, um eine Wahrscheinlichkeitswertberechnung durchzuführen, die von einer anpassbaren Ratenvariante und einem vorgewählten Basisbaummodell abhängt. Zusammenfassend kann JMODOTELTST die Zeit sparen und die Anstrengungen, die Wissenschaftler investieren, investieren, indem er traditionelles DNA-Analysevorgänge durchführen würde. Es wird jedoch empfohlen, dass die Ergebnisse nur für den Fall gründlich überprüft werden. Bewertet von Andreea MOSTI, Zuletzt aktualisiert am 17. August 2014

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