Zirkonspect.

-Tool zum Erstellen von Contig-Spektren
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Zirkonspect. Ranking & Zusammenfassung

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  • Rating:
  • Lizenz:
  • GPL
  • Name des Herausgebers:
  • Florent Angly
  • Betriebssysteme:
  • Windows All
  • Dateigröße:
  • 67 KB

Zirkonspect. Stichworte


Zirkonspect. Beschreibung

Circonsect, auch bekannt als die Kontrolle in der Forschung auf CONTIG-Spektren), um Contig-Spektren zu erzeugen, das auf der Montage von zufälligen Teilmengen von Metagenomen basiert. Die CONTIG-Spektren können dann stromabwärts modelliert werden, um Diversity-Schätzungen (zum Beispiel mit Phaccs) zu erhalten. Es können verschiedene Arten von CONTIG-Spektren erstellt werden: Das Standard-Contig-Spektrum für Alpha-Diversität, das gemischte Konnektalspektrum, für Gamma-Diversität und das Cross-Contig-Spektrum für Beta-Diversität. Das Erstellen eines Cross-Contig-Spektrums erfordert das Erstellen eines gemischten ContiG-Spektrums, das das Erstellen normaler Contig-Spektren basierend auf mehreren ausgewählten Metagenomen (FASTA-Dateien) erfordert. CIMONSPECT verwendet eine indizierte Sequenzdatenbank, um temporäre Daten zu speichern. Jedes Montageprogramm, das eine minimale Überlappungslänge und Ähnlichkeit unterstützt, ist angepasst. Zu diesem Zeitpunkt werden Minima, Tigh-Assembler, LIGR-Assembler, CAP3 und Newlers, unterstützt. Wenn mehrere Wiederholungen durchgeführt werden (Bootstrapping), ist das durchschnittliche CONTIG-Spektrum berechnet. Der Benutzer kann die Größe der Sequenzen steuern, indem sie sie auf eine bestimmte Länge einschneiden und Sequenzen entfernen, die kleiner als eine Schwelle ist.


Zirkonspect. Zugehörige Software

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