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Vplg Stichworte
Vplg Beschreibung
VPLG oder Visualisierung von Protein-Liganden-Graphen ist ein Werkzeug, das ein digitalbasiertes Modell verwendet, um die Struktur von Proteinen auf dem supersekundären Strukturebene zu beschreiben. Ein Protein-Ligand-Diagramm wird aus den Atomkoordinaten in einer PDB-Datei und den sekundären Strukturzuweisungen des DSSP-Algorithmus berechnet. In diesem Graphen stellen die Scheitelpunkte Sekundärstrukturelemente (SSES, z. B. in der Regel Alpha-Helices und Beta-Blätter) oder Ligandenmoleküle dar, während die Kantenmodellkontakte und die räumlichen Beziehungen zwischen ihnen liegen. VPLG ist in Java mit der Apache Batik-Bibliothek für den SVG-Ausgang geschrieben und kann auf mehreren Plattformen ausgeführt werden. Haupteigenschaften: liest 3-dimensionale Atomdaten von PDB-Dateien und Sekundärstrukturzuordnungen von DSSP-Dateien berechnet ein Protein-Ligand-Diagramm aus den Daten und visualisiert den Graph unterstützt die Ausgabe der Grafikbilder in Bitmap (.png) und Vektor (.svg) Formate exportiert Protein-Liganden-Diagramme in einer Klartextdatei in einem eigenen Format (.plg), das einfach zu bearbeiten, analysiert und mit einem Computerprogramm generiert wird kann Proteindiagramme von .plg-Dateien lesen und direkt visualisieren.
Vplg Zugehörige Software
