MALIGN ist ein kleiner, Command Prompt-basierter Antrag, der Ihnen einige mehrfache Ausrichtungsverfahren anbietet, die in der Nähe von Parallelen für diejenigen angeboten werden, die zur Suche nach Mindestlänge-Cladogramme verwendet werden. Ausrichtungstopologien sind über verschiedene Sequenzen aufgebaut und durch Verzweigungsaustausch verbessert. Jede Ausrichtungstopologie ergibt eine mehrfache Ausrichtung und Cladogramme aus dieser Ausrichtung. Die Kosten des pargronomischsten Cladogramms werden dann als mehrere Ausrichtungskosten zugewiesen.
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