UCSF-Chimäre. Analysieren Sie alle Ihre molekularen Struktur
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UCSF-Chimäre. Ranking & Zusammenfassung

UCSF-Chimäre. Stichworte

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UCSF-Chimäre. Beschreibung

Die UCSF-Chimäre wurde speziell für ein sehr erweiterbares Software entwickelt, das zur interaktiven Visualisierung und Analyse molekularer Strukturen und zugehörigen Daten verwendet werden kann. Dazu gehören Dichtekarten, supramolekulare Baugruppen, Sequenzausrichtungen, Docking-Ergebnisse, Trajektorien und Konformationssembles. Hochwertige Bilder und Animationen können ebenfalls generiert werden. UCSF CHIMERA unterstützt Sie mit mehreren Dienstprogrammen, z. B. Movie Recorder, Animation, Strukturdiagramm und Benchmark. Haupteigenschaften: Achsen und Flugzeuge: -Axen, Ebenen und Schwerpunkte können mit den Axes / Planes / Centroids-Werkzeugen oder dem Befehl aus Sätzen von Atomen oder dem Befehl berechnet werden. Achsen können als Zylinder, Flugzeuge als Festplatten und Schwerpunkte als Kugeln gezeigt werden, und eines davon kann in Abstands- und Winkelmessungen verwendet werden. Zum Beispiel zeigt die Abbildung den Dopamin-D3-Rezeptor und den gebundenen Inhibitor (PDB-Eintrag 3PBL), wie in der Membran in der OPM-Datenbank in die Membran modelliert. Die Ebenen der inneren und äußeren Membrangrenzen sind als transparente blaue und rote Festplatten dargestellt. Das Proteinband ist im N-Terminus im C-Terminus regenbogenfarben, und die Achse jeder Helix ist als Zylinder der anpassenden Farbe dargestellt. Die Achse der roten Helix bildet einen Winkel von 15,1 ° mit der Membran und kommt innerhalb von 3,5 Å der inneren Grenze. Die gelben und orangefarbenen Helices sind nahezu antiparallel (Kreuzungswinkel 5.9 °). Der durchschnittliche (minimale, maximale) Abstand der Inhibitoratome von der äußeren Grenze beträgt 7,9 (5,1, 11,7) Å. Volume-Daten: CHIMERERS Volume Viewer zeigt dreidimensionale Elektronen- und Lichtmikroskopdaten, Röntgendichtekarten, elektrostatisches Potential und andere volumetrische Daten an. Konturoberflächen, Maschen und volumetrische Anzeigestile werden bereitgestellt, und Schwellenwerte können interaktiv geändert werden. Karten können farbig, in Scheiben geschnitten, segmentiert und Änderungen gespeichert werden. Markierungen können platziert werden und Strukturen können verfolgt werden. Das begleitende Bild zeigt eine Dichtekarte des KelP-Fly-Virus von der Elektronenmikroskopie, die radial und mit einem Oktanten ausgeschnitten ist. B-Faktorfarbe: Eine Struktur kann farbig sein, um Werte eines Attributs wie dem atomaren B-Faktor anzuzeigen. Das Bild enthält eine molekulare Oberfläche, die abgeschnitten und verschlossen, 2D-Etiketten und einen Farbschlüssel. Die Farbzone wurde verwendet, um den planaren Querschnitt der Oberfläche zu färben (siehe Bild wie). Ramachandran Grundstück: -Protein-Backbonwinkel können in einem Ramachandran-Diagramm zusammen mit Wahrscheinlichkeitskonturen (grüne Linien) aus einem Bezugssatz von gut ermittelten Strukturen gezeigt werden. Jeder Aminosäurerest ist als Punkt in einem Graphen von vs. , häufiger als Ramachandran-Plot oder Ramachandran-Karte bekannt. Rückstände werden als blaue Punkte angezeigt oder wann ausgewählt, als rote Punkte. Im Beispiel wurden alle Helixrückstände ausgewählt. Umgekehrt wählt das Klicken auf einen Punkt in der Handlung den entsprechenden Rückstand in der Struktur aus. Wenn das Diagramm Mauszusammenhänger aufweist, wird die Cursorposition (x = , y = ) unter dem Grundstück ausgewiesen. Thermische Ellipsoide: Anisotrope B-Faktoren können als Ellipsoide mit Ellipsoidachsen und Radien dargestellt werden, die die Eigenvektoren und Eigenwerte der atomaren mittleren Quadrat-Verdrängungsmatrix darstellen. Anisotrope B-Faktoren werden aus der Input-Koordinatendatei (z. B. von Anisou-Datensätzen in einer PDB-Datei) gelesen und kann mit den Werkzeug-Thermie-Ellipsoiden oder dem Befehl Aniso angezeigt werden. Die Abbildung zeigt, dass Ellipsoide skaliert, um 50% Wahrscheinlichkeit für die Häm- und nahe gelegenen Atome von PDB-Eintrag 1A6M einzuschließen. Screening angedockte Moleküle: Das Programmdock berechnet mögliche Bindungsorientierungen, Angesichts der Strukturen von "Liganden" und "Rezeptor" -Molekülen. Typischerweise wird eine große Datenbank mit kleinen Molekülstrukturen nach Verbindungen gesucht, die den Rezeptor binden können. Das Chimera-Extension-Viewdock erleichtert die interaktive Auswahl vielversprechender Verbindungen aus dem Dockausgang. Die Moleküle können im Zusammenhang mit der Bindungsstelle und optional durch Anzahl von Wasserstoffbrückenbindungen an den Rezeptor angezeigt werden. Die Dock-Prep-Erweiterung bereitet einen Rezeptor für den Eingang in ein Docking-Programm vor, indem Hydrogene hinzugefügt werden, Teilegebühren zugewiesen und andere verwandte Aufgaben ausgeführt werden. Anmerkungen von uniprot: PDB / UNIPROT-Info ruft Sequenz- und Strukturanmerkungen für die Protein-Data-Bank (PDB-Einträge (PDB) mit einem von der RCSB-PDB bereitgestellten Web-Dienst ab. Sequenzen werden in einem Multalign-Viewer angezeigt, und die Merkmale von UNIPROT werden auf den Sequenzen als Regionen oder farbige Boxen abgebildet. Im Bereich Browser Färbung durch Erhaltung: Eine Struktur kann farbig sein, um Werte eines Attributs wie Rückstandserhaltung anzuzeigen. Das Öffnen einer Sequenzausrichtung in Chime Zeigt es automatisch in einem multaligten Viewer an und ordnet es mit einigen ähnlichen Strukturen zusammen (ein paar Rückstände nicht zulässig sind). Eine Vielzahl von Erhaltungsmaßnahmen kann berechnet werden. Das Bild wurde mit der PFAM Carb_anhydrase-Saatgut-Ausrichtung PF00194_SEED.SLX erstellt und enthält einen Farbschlüssel- und 2D-Etiketten. Volume-Ebeneanzeige: Lautstärkedaten können jeweils eine einzelne Ebene (oder Platte) mit den Ebenen mit den Ebenen in Volume Viewer angezeigt werden. Die Ebenenanzeige kann entlang der Daten X, Y- oder Z-Achse, oder der ebene Ort kann mit einem Schieberegler interaktiv angegeben werden. Rotamer: Aminosäure-Sidechains übernehmen verschiedene Konformationszustände oder Rotamer. Rotamer aus der Dunback-Backbone-abhängigen Bibliothek oder der Richardson "Penultimativen" Bibliothek können angesehen, ausgewertet und in Strukturen mit dem Rotamer-Tool eingebaut werden. Ein Rückstand kann in eine andere Konformation des gleichen Art von Aminosäure geändert oder in einen anderen Typ mutiert werden. Rotamer-Torsionswinkel und Bibliothekswahrscheinlichkeitswerte sind in einem Dialog, zusammen mit (optional) Wasserstoffbindungen, Zusammenstößen und Übereinstimmung mit Elektronendichtedaten aufgeführt. Nur in der Liste ausgewählte Rotamer werden angezeigt. Wenn ein einzelner Rotamer gewählt wird, kann er in die Struktur eingebaut werden. Das Bild enthält 2D-Etiketten. benutzergetriebene Analyse: Benutzer können problemlos strukturbezogene Daten in Chimäre in Form von Attributen oder Werte importieren, die mit Atomen, Rückständen oder Modellen verbunden sind. Die Daten können mit dem Attribut definiert importiert und dann visuell mit Farbbereiche, atomaren Radien oder "Wurm" -Dicke dargestellt werden. Solche Daten können auch programmgesteuert in Chimären manipuliert werden, und in der Tat wurde Chimera mit Erweiterung und Programmierbarkeit im Sinn entwickelt. Es ist weitgehend in Python implementiert, wobei bestimmte Merkmale in C ++ für Effizienz codiert sind. Python ist eine einfach zu erlernen interpretierte Sprache mit objektorientierten Funktionen. Alle Funktionen von CHIMERA ist über Python zugänglich, und Benutzer können ihre eigenen Algorithmen und Erweiterungen ohne Chimärencode-Änderungen implementieren, sodass solche benutzerdefinierten Erweiterungen weiterhin über Chimera-Releases arbeiten werden. Viele Programmierbeispiele werden zur Unterstützung der Erweiterungsschreiber bereitgestellt. Morphing Density Maps: Verwandte Dichtekarten können durch Morphing von einem zum anderen verglichen werden. Mehrere Zwischenkarten werden durch Interpolieren zwischen den Start- und Endkarten erzeugt. Der Morph kann interaktiv angesehen und als Film aufgenommen werden. Der Konturniveau kann automatisch eingestellt werden, um das geschlossene Volumenkonstante im gesamten Morph aufzubewahren, und andere Aspekte der Kartenanzeige können mit Volume Viewer eingestellt werden. Färbung durch Dichte: Eine Oberfläche kann durch Dichte oder andere Volumendaten gefärbt werden. Im Bild wird die Oberfläche abgeschnitten und verschlossen, und nur die Kappe ist durch Dichte gefärbt. Es können verschiedene Farbschemata angewendet werden. Überlagerungsstrukturen: Es gibt verschiedene Möglichkeiten, die Strukturen in Chimäre zu überlagern: Matchmaker führt einen Fit aus, nachdem er identifiziert, welche Rückstände gekoppelt werden sollen. Das Pairing verwendet sowohl die Sequenz als auch die sekundäre Struktur, sodass ähnliche Strukturen, die auch dann überlagert werden sollen, auch wenn ihre Sequenzähnlichkeit niedrig bis nicht nachweisbar ist. Die Figur zeigt fünf rückstandsbezogene Proteine (paarweise Sequenzidentitäten

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