Transposonpsi.

ein Analysewerkzeug zur Identifizierung von Protein- oder Nukleinsäuresequenz-Homologie
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Transposonpsi. Ranking & Zusammenfassung

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  • Rating:
  • Lizenz:
  • Freeware
  • Name des Herausgebers:
  • transposonpsi.sourceforge.net
  • Website des Verlags:
  • Betriebssysteme:
  • Windows XP/2000/98/Me/NT

Transposonpsi. Stichworte


Transposonpsi. Beschreibung

Bearbeiten von Transpoonpsi ist ein Analysewerkzeug, um Protein- oder Nukleinsäuresequenz-Homologie zu identifizieren, um von diversen Familien von transponierbaren Elementen codierten Proteinen zu identifizieren. PSI-BLAST wird mit einer Sammlung von (Retro-) Transpoon-ORF-Homologieprofilen verwendet, um statistisch signifikante Ausrichtungen zu identifizieren. Dieses Verfahren kann verwendet werden, um potenzielle Transposon-ORFs innerhalb eines Proteinsatzes zu identifizieren oder Regionen der Transposon-Homologie innerhalb einer größeren Genomsequenz zu identifizieren. Dies ist besonders nützlich, um degenerierte Transposon-Homologien in Genomsequenzen zu identifizieren, die mithilfe des Wiederholungsmaskers und einer zugehörigen Nukleotid-Bibliothek von sich wiederholenden Elementen identifiziert und maskiert werden. Transpoonpsi wurde am Institut für genomische Forschung routinemäßig verwendet, um bei der Entdeckung von mobilen Elementen über Eukaryoten einschließlich Protozoen, Pflanzen, Pilze und Tieren zu helfen.


Transposonpsi. Zugehörige Software

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