Sweblast teilt eine Abfragesequenz oder Sequenzen teil
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Sweblast Ranking & Zusammenfassung

Sweblast Stichworte

Anfrage Teilen Reihenfolge HLA-Sequenz Biosystemsequenz CRLF-Sequenz Split-Sequenz Cromatrogrammsequenz Aliquotsequenz Abfragesequenz Sequenz teilen. Alight Sequenz Sequenz Shader Datenbanksequenz Polypeptidsequenzen Sequenzen teilt.

Sweblast Beschreibung

SWEBLAST (Gleitfenster webbasierte Blast) ist ein Befehlszeilenprogramm, das in Perl geschrieben wurde, um unter Windows, Linux und Mac zu verwenden. Die Hauptkomponente von SWEBLAST.pl, wird eine Abfragesequenz oder Sequenzen unterteilen, die in einem Fasta-Format in einer Reihe von Anweisungen der gewählten Länge und Überlappung geliefert werden, und sendet diese aufeinanderfolgend in die Spitzeinrichtung von Genbanks. Die Suchergebnisse werden in einer einzelnen Datei, blast.txt in einem Unterordner zusammengefasst. Dies wird durch die zweite Komponente, SWEBLAST_PARSER.PL analysiert, und die Ergebnisse, die in einen Unterordner in eine Reihe von CSV-Dateien eingesetzt werden, die mit einem Standard-Tabellenkalkulationsprogramm, wie z. B. Excel, untersucht werden. Um die verfügbaren Argumente oder Optionen anzusehen, kann man das Programm mithilfe der Option -help ausführen Perl Sweblast.pl -help. -Help oder -h: Diese Nachricht anzeigen. -Input oder -I: Eingabe (Daten) Datei. -Onput oder -O: Outgment-Ordner (optional). -Window oder -w: Fensterlänge Standard 100 (optional). -Strep oder -s: Schrittlänge - Standard 50 (optional). -Database oder -d: GenBank-Datenbank zu durchsuchend - Standard NR (optional). -Program- oder -P: Programm verwendet werden: BLASTN, BLASTP, BLASTX - Standard Blastn (optional). -Expect oder -e: Erwarten (optional). -Entrez oder -Q: Entrez-Abfrage (optional) Boolean-Befehl zum Begrenzen der Blastsuche (z.B. "Virus nicht Kartoffelvirus y "). -Parse oder -R: Sweblast_Parser.pl (optional) anzurufen. -cutoff oder -c: Abweichungen von Treffer mit einem größeren E-Wert (optional). oder verwenden Sie das interaktive Menü, indem Sie das Programm ohne Argumente ausführen und der Eingabeaufforderung folgen: Perl Sweblast.pl.

Sweblast Zugehörige Software