Stataleign Software für Bayesian-Analyse von Protein-, DNA- und RNA-Sequenzen
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Stataleign Beschreibung

Statalign ist eine erweiterte und offene Quellanwendung, die Sie dabei, die DNA-Analyse durchführen zu können. Mehrere Ausrichtungen, phylogenetische Bäume und evolutionäre Parameter werden in einem Markov-Kettenmonte-Carlo-Framework eingereicht, sodass eine zuverlässige Messung der Genauigkeit der Ergebnisse ermöglicht wird. Dieser Ansatz eliminiert gemeinsame Artefakte, die traditionelle Methoden an den Kosten einer erhöhten Rechenzeit leiden. Diese Artefakte umfassen die Abhängigkeit der aufgebauten Phylogenie auf einer einzigen (wahrscheinlich suboptimalen) Ausrichtung und Vorspannung in Richtung des Führungsbaums, auf der die Ausrichtung stützt. Die Modelle hinter der Analyse ermöglichen den Vergleich evolutionärer ferner Sequenzen: Das Einfügungslöschungsmodell TKF92 kann mit einem beliebigen Substitutionsmodell gekoppelt werden. Ein breites Sortiment an Modellen für Nukleotid- und Aminosäuredaten ist im Paket enthalten, und das Plug-In-Management-System stellt sicher, dass neue Modelle leicht hinzugefügt werden können.

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