Simlipid Ein umfassendes Informatik-Tool zum charakterisierenden Lipiden mit Vorläufern und Produktionendaten von ...
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Simlipid Ranking & Zusammenfassung

Simlipid Stichworte

Bezeichner Strukturanalyse Informatik

Simlipid Beschreibung

Simlipid, eine Lipid-Identifikationssoftware, analysiert Lipid-MS, MS / MS- und MSE-Daten zur lipid strukturellen Aufklärung und Korrektur experimenteller Spitzenintensitäten für ihre isotopische Überlappung. Das Programm akzeptiert experimentelle MS, MS / MS- und MSE-Daten (M / Z- und Intensitätswerte), die durch Massenspektrometrie in Text, MS Excel, MZDATA, MZXML und WATERS Native File-Format (MSE) erhalten werden. Die Software ermöglicht die Lipid-Identifizierung und -profilierung durch Durchsuchen von Vorläufern gegen die bekannten Lipidstrukturen, die in der Simlipid-Datenbank verfügbar sind. Zusätzliche Informationen wie Lipid-ID, Lipidabkürzung, systematischer Name, Zusammensetzung und andere Datenbankverbindungen werden ebenfalls für den einfachen Bezug zur Verfügung gestellt. Nehmen Sie Simlipid für eine Probefahrt, um zu sehen, worum es geht! Haupteigenschaften: Robuste Lipidstruktur Datenbank: Die Simlipid-Datenbank ist eine große relationale Datenbank mit 8 Lipidkategorien VIZ. Glycerophospholipide, Sphingolipide, Fettacyls, Glycerolipide, Sterine, Prenole, Saccharolipide und Polyketide mit 21905 Lipidspezies. Andere Datenbankverbindungen umfassen Kyoto-Enzyklopädie von Genen und Genomen (KEGG), Human-Metabolomen-Datenbank (HMDB), chemische Entitäten biologischer Interesse (CEBI), Pubchem-Substanzdatenbank, Lipidbank und Lipidat. Die Datenbank wird kontinuierlich aktualisiert. Theoretische Fragmente von Lipiden aus den Kategorien viz. Glycerophospholipids, Glycerolipids, Prenol-Lipide und Saccharolipide sind zusammen mit ihren theoretischen Massen und entsprechenden Fragmentstrukturen erhältlich. Projektmanagement: simlipid bietet ein umfassendes Projektmanagement, das die Ergebnisse der Lipid-Analyse mit Eingangsprofilen und Suchparametern verknüpft. Sie können eine beliebige Anzahl von Projekten erstellen. Die Projekte können auf Basis eines Quell-, Labor- oder Forschungsziels eingestuft werden. ms lipid suche: Simlipid ermöglicht das Lipidprofil, indem er Lipid-Vorläuferion gegen die bekannten Lipidstrukturen sucht, die in der Simlipid-Datenbank für Sphingolipide, Fettacyls, Glycerolipiden, Sterine, Prenols, Saccharolipiden, Polyketideen und Glycerophospholipiden verfügbar sind. Benutzer können die MS-Lipid-Suche nach hochauflösenden Daten mit einer Fehlertoleranz von weniger als oder gleich 20 ppm oder 2000 MilliDalton (MDA) durchführen. Simlipid unterstützt , , , , -Ionen im positiven Ionenmodus und , , , , und im negativen Ionenmodus. Simlipid bietet eine intuitive Benutzeroberfläche, um eine solche Lipid-Datenanalyse mit Leichtigkeit auszuführen. lipid strukturelle Aufklärung mit MS / MS- und MSE-Daten: Simlipid unterstützt die strukturelle Aufklärung von Lipiden mit MS / MS- und MSE-Daten für Glycerophospholipiden, Glycerolipiden, Prenol-Lipide und Saccharolipiden. Identifizierte Lipide werden basierend auf einem innovativen Ranking-Algorithmus sortiert, der das relative Grad der Nähe der theoretischen Lipide mit den experimentellen Daten angibt. Hochauflösende genaue Massendaten mit einer Fehlertoleranz zwischen 1-20 Teilen pro Million (PPM) und 0,1 bis 2000 Milliidenton (MDA) können analysiert werden. Zweidimensionale Strukturen der identifizierten Lipide werden ebenfalls angezeigt. Hoher Durchsatz isotopischer Spitzenkorrektur von Lipid-MS-Daten: Die Isotop-Korrektur eines Profils ist eines der obligatorischen Schritte, um eine genaue Quantifizierung von Lipiden aus biologischen Mischungen zu erleichtern. Simlipid bietet ein Hochdurchsatzmodul, um Isotop-Prozentsätze zu berechnen und die experimentellen Spitzenintensitäten zu korrigieren, die für ihre isotopischen Überschneidungen beobachtet werden. Die korrigierten Intensitätswerte können in Kalkulationstabellenkompatible .csv- und .xls-Dateiformate exportiert werden. Massenspektren Anmerkung mit identifizierten Lipiden simlipid kann Massenspektren mit den für MS, MS / MS identifizierten Lipiden sowie MSE-Daten annöschen. Dies hilft bei der Interpretation von Massenspektren, indem Sie die experimentellen M / Z-Werte hervorheben, die mit denen der theoretischen Lipidstrukturen aus der Produktdatenbank entsprechen. Für eine bessere Lipid-Charakterisierung kann jeder übereinstimmende Peak mit dem Namen des Lipidfragments oder der entsprechenden Lipid-Chemie-Formel angeboten werden. Die kommentierten Massenspektren können entweder auf einer Seite auf einer Seite angemessen / wiedergreißt werden, um auf einer Seite anzupassen oder auf dem interessierenden Bereich zu basieren. Ein Benutzer kann mit dem Mauszeiger oder durch Angabe des M / Z-Bereichs in einen bestimmten Plot-Speicherort vergrößern. Darüber hinaus können Benutzer die kommentierten Spektren als Bilder (in PNG- und JPEG-Formaten) exportieren, die in MS PowerPoint aufgenommen werden können, wodurch die Informationsaustausch zwischen Forschungsgruppen erleichtert werden. Bericht generieren: Der Benutzer kann einen umfassenden Bericht entweder im Tabellenkalkulations-kompatiblen Format .csv-Datei, .xls oder .html-Datei der Datenanalyse erstellen, die für Lab-Notebook, Veröffentlichung oder Freigabe von Informationen mit Kollegen durchgeführt wurde. Für jedes Modul ermöglicht es einem intuitiven Schnittstellen einen Benutzer, die Informationen anzupassen, die in den Bericht aufgenommen werden würden. Dies kann die M / Z, Delta-Masse entweder in MDA, PPM oder DA, Intensitätswert, Ionenmodus, Lipidabkürzung, Lipid-ID und Molekülstruktur des Lipid-, korrigierten Intensitätswerts nach dem Berechnen von isotopen Prozentsatz und / oder kommentierten Massenspektren einschließen. Datenbanksuche: Sie können auch nach einer Lipidstruktur von Interesse durch Lipidabkürzung / Common Name, Masse, chemische Zusammensetzung oder Lipid-ID suchen.

Simlipid Zugehörige Software