Simcoal Simulieren Sie die molekulare genetische Vielfalt mit Hilfe dieses Werkzeugs.
Jetzt downloaden

Simcoal Ranking & Zusammenfassung

Simcoal Stichworte

Analysieren Simulation simulieren genetische Änderung Genetic Systems genetische Information Sequenzvielfalt Molekularbiologie-Werkzeug Vielfaltanalyse Diversity Analyzer. Diversität Simulieren Sie die molekulare Dynamik Genotypische Vielfalt analysieren Genotypische Diversitätsanalyse. Genvielfalt Genetische Karte simulieren Zugang genomischen Vielfalt genetische Vielfalt simulieren genetische Diversity-Simulation. molekulargenetische Vielfalt haploide Bevölkerung Mutation simulieren molekulargenetisch genetische Differenzierung.

Simcoal Beschreibung

Simcoal ist eine praktische, einfach zu bedienende Anwendung, die speziell entwickelt wurde, um die molekulare genetische Vielfalt in einer beliebigen Anzahl von haploiden Populationen zu simulieren, die auf eine Reihe voll verknüpfter Loci untersucht wurden. Es basiert auf dem retrospektiven Koalente-Ansatz, der anfänglich von Kingman (1982b; 1982a) beschrieben und in einer Reihe anderer Papiere eindeutig ausgesetzt (Ewens 1990; Hudson 1990; Donnellly und Tavaré 1995). Der koalente Rückwärtsansatz simuliert nicht die genetische Geschichte der gesamten Bevölkerung, wie in herkömmlichen Vorwärtssimulationen, sondern rekonstruiert die Genealogie-Genealogie (Koaleszenten) von Genen von Genen, die aus verschiedenen Deme in einer Bevölkerung gezogen werden. Für neutrale Gene hängt dieser Koalente-Prozess im Wesentlichen von der Geschichte und der Demografie der Bevölkerung ab und ist unabhängig vom Mutational-Prozess. Dieses Programm simuliert Mutationen, beginnend mit dem jüngsten gemeinsamen Vorfahren (MRCA) aller Gene in der Probe, und füge sie unabhängig von allen Zweigen der Genealogie hinzu, die einen einheitlichen und ständigen Poisson-Prozess annimmt. Mit diesem zweistufigen (Koalenz-Mutation) -ansatz können viele Replikate von haploiden Proben von DNA-Sequenzen, RFLP- oder MicroSatellit-Daten sehr schnell simuliert werden. Die Analyse einer großen Anzahl von simulierten Proben ermöglicht es, die empirische Verteilung von praktisch jeder Statistik zu erhalten, die aus genetischen Daten abgeleitet werden kann, einschließlich Statistiken, für die keine analytische Ableitung verfügbar ist (Hudson 1993). Typische Anwendungen des Programms umfassen die Untersuchung des Effekts komplexer Demografien auf das Muster der genetischen Vielfalt innerhalb und zwischen den Bevölkerungsgruppen, wie bei Engpässen, komplexen Fällen von Gemältern oder Metapopulationssystemen. Während diese Anwendung haploide Proben von Genen oder Haplotypen erzeugt, können diploide Daten unter der Hypothese des Hardy-Weinberg-Gleichgewichts erzeugt werden, indem zufällige Paare von Haplotypen eingenommen werden, um diploide Genotypen zu bilden

Simcoal Zugehörige Software