Simba SIMBA - Erkunden Sie das Verhalten Ihres Lieblingsgenes oder von Genen
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Simba Ranking & Zusammenfassung

Simba Stichworte

Analyse Gen Genom Genomanalyse Genanalyse Gene analysieren

Simba Beschreibung

Die SIMBA-Hefe-Site ermöglicht die interaktive Erkundung eines großen Kompendiums von Daten aus diversen hohen Durchsatzversuchen. Sie können das Verhalten Ihres Lieblingsgens oder von Genen-Sets untersuchen, die Aktivität verschiedener Funktionsmodule mit verschiedenen experimentellen Bedingungen vergleichen oder die Beziehungen zwischen Genexpressionsprogrammen, Eiweißwechselwirkungen und Transkriptionsfaktor-Bindungsprofilen testen. SIMBA-Algorithmus teilt Gene und Eigenschaften (in der Regel ein Zeitpunkt oder Zustand in einem experimentellen Experiment solcher DNA-Microarray) in Bi-Clustern ("Bics"), die aus Genen und Eigenschaften zusammengesetzt sind, so dass sich die Gene in dieser Gruppe von Bedingungen ähnlich verhalten. BICs können sich überlappen (in Genen, Bedingungen oder beides), und ein Gen kann in mehreren Bics vorhanden sein, da er einer Gruppe von Genen unter den Bedingungen A-G und einem anderen Satz von Genen unter den Bedingungen H-M ähnlich sein kann. Eigenschaften können irgendetwas von genomweiten Experimenten erreichbar sein: Niveau der RNA-Expression, macht oder interagiert nicht physisch, tut oder nicht genetisch interagiert, ist es oder ist es nicht resistent für ein bestimmtes Medikament usw.

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