SVM-Technik zur Bewertung von proteotypischen Peptiden Stepp ist ein Auswertung von proteotypischen Peptid-Tools.
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SVM-Technik zur Bewertung von proteotypischen Peptiden Ranking & Zusammenfassung

SVM-Technik zur Bewertung von proteotypischen Peptiden Stichworte

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SVM-Technik zur Bewertung von proteotypischen Peptiden Beschreibung

Die Stepp-Software enthält eine Implementierung eines ausgebildeten SVM (Support-Vektor-Maschine), der eine Punktzahl berechnen kann, die darstellt, dass ein Peptid von "proteotypisch" von LC-MS ist. Das Programm kann eine Proteindatei lesen, eine In-Silico-Verdauung durchführen und die Beobachtbarkeitsbewertung für jedes tryptische oder teilweise tryptische Peptid berechnen. Es sei angemerkt, dass größere (positive) Scores ein Peptid mittleren, um mehr proteotypischer zu sein, während niedrigere (negative) Werte bedeuten, dass das Peptid nicht vorhergesagt wird, dass sie proteotypisiert ist. Das von Steppen verwendete SVM-Modell ist ein einfacher Deskriptorraum, der auf 35 Eigenschaften von Aminosäuregehalt, Ladung, Hydrophilie und Polarität für die quantitative Vorhersage von proteotypischen Peptiden basiert. Das Modell wurde mit drei unabhängig voneinander abgeleiteten AMT-Datenbanken ausgebildet und validiert (Shewanella onsidensis, Salmonella Typhimurium, Yersinia Pestis). Der SVM führte zu einem durchschnittlichen Genauigkeitsmaß von ~ 0,8 mit einer Standardabweichung von weniger als 0,025.

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