STENGEL Spezies-Baumschätzung mit maximaler Wahrscheinlichkeit
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STENGEL Ranking & Zusammenfassung

STENGEL Stichworte

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STENGEL Beschreibung

Der Vorbau wurde entwickelt, um ein Programm für die Infertigung der maximalen Wahrscheinlichkeits-Bäume aus einer Sammlung von geschätzten Genbäumen unter dem Koaleszentenmodell zu sein. Das Programm wird entweder den genauen ML-Baum zurückgeben, die Wahrscheinlichkeit für einen vom Benutzer angegebenen Baum berechnen oder nach einem Satz höchster Wahrscheinlichkeitsbäume suchen. Die Methode zum Suchen des Raums von Bäumen ist ein simulierter Glühalgorithmus. STEM erfordert mehrere Eingabedien. Das erste davon ist die File, die die Informationen ergibt Für die Genbäume, die genetrees.tre genannt werden müssen. Diese Datei enthält die Genbäume mit Zweiglängen im Newick-Format. Genbäume müssen verwurzelt sein und müssen die molekulare Uhr befriedigen, obwohl das Programm nicht dafür prüft (Sie werden wahrscheinlich einen Fehler erzielen, oder es wird unmenschlich laufen, wenn dies nicht der Fall ist). Direkt vor jedem Genbaum befindet sich eine Zahl in den eckigen Klammern, die dem Preismultiplizierer für jedes Gen angibt.

STENGEL Zugehörige Software