ROCOCO ist ein kleines Dienstprogramm, das für das Rekonstruieren von Ahnen-Genclustern entwickelt wurde. Angesichts der Topologie eines phylogenetischen Baums und der Genaufträge der Blattknoten berechnet er optimale Sets von Genclustern für die inneren Knoten. Das Optimierungskriterium kombiniert zwei Eigenschaften: Parsimonie, d. H. Die Anzahl der Gewinne und Verluste von Genclustern muss minimal sein, und die Konsistenz, d. H. Für jeden Ahnenknoten, muss mindestens eine potenzielle Genreiser vorhanden sein, die alle rekonstruierten Cluster enthält.
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