Robin Ein einfach zu verwendender Microarray-Daten-Präprozessor, der alle gängigen Microarray-Plattformen unterstützt
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Robin Ranking & Zusammenfassung

Robin Stichworte

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Robin Beschreibung

Derzeit sind mehrere kommerzielle Programme wie Genespring mit einer reichen und einfachen Benutzeroberfläche zur statistisch analysierenden Microarrays verfügbar. Dies ist jedoch in der Regel sehr teuer und erfordern sogar ein jährliches Abonnement Andererseits gibt es kostenlose, offene Quellwerkzeuge wie Bioconductor, die große statistische Optionen und Unterstützung kostenlos bieten, aber diese Macht wird häufig zum Preis der Verwendbarkeit geliefert, da diese Werkzeuge häufig nur eine Befehlszeilenschnittstelle oder allein sehr groß sind Grundlegende Benutzerinteraktion. Schließlich gibt es Werkzeuge wie RMA Express, die eine reichen Benutzeroberfläche anbieten, jedoch nur sehr begrenzte Optionen. Robin versucht, diese Lücke zu überbrücken, indem es eine flexible benutzerfreundliche grafische Schnittstelle bereitstellt, um die Kraft von R / BioConductor für den einzelnen Biologen zu entfesseln. Robin kommt als eine installierbare Datei, die auch die R- und BIOCONDUCTOR-Frameworks installiert. Derzeit ist es möglich, bei Verwendung von Robin bei Verwendung von AffyMetrix-Daten und generischen tafelförmigen Zweifarb- oder Single-Channel-Array-Daten mit einem Bereich unterschiedlicher Normalisierungsmethoden normalisieren. Darüber hinaus bietet Robin eine Vielzahl von Qualitätssteuerungsmethoden an, mit denen ein Überblick über die experimentelle Daten technische Qualität und -struktur erhalten werden kann. Mit dem eingebauten grafischen Experiment-Designer können die Forscher festlegen, welche Proben zum Vergleich (sogar Kombinationen von Proben möglich sind) und schließlich einen umfassenden Satz von Tabellen und Parzellen erstellen, die detaillierte Ergebnisse des Experiments wie dem Protokollfaltwechsel (M), Durchschnittliche Ausdruck (A) Werte bei einer (benutzerstellbaren) Wahrscheinlichkeit für den differenziellen Ausdruck. Tische, die Informationen zu den Top 100 differentiell regulierter Gene zusammenfassen und mehrere Parzellen visualisieren, die die Qualität jedes Chips visualisieren, werden ebenfalls erzeugt. Die Ergebnisse können direkt in Mapman und Pagemann für die Visualisierung und weitere Analyse importiert werden. Robin bringt Ihnen eine vollständige Lösung für die Microarray-Analyse und die Datenverarbeitung.

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