RDM-Kreise. ein Programm, um die Vergleichsanalyse der RNA-Sekundärstruktur zu automatisieren
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RDM-Kreise. Ranking & Zusammenfassung

RDM-Kreise. Stichworte

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RDM-Kreise. Beschreibung

Die RDM-Kreise-Anwendungen wurde als experimentelles Windows-Programm zur Übertragung von RNA-Sekundärstruktur unter Verwendung des Vergleichsverfahrens entwickelt. Die vergleichende Analyse ist das bevorzugte Verfahren zur Unterbringung der RNA-Sekundärstruktur, deren Verwendung erfordert jedoch erhebliches Know-how und manuelle Aufwand. Da die Bedeutung der sekundären Struktur zur genauen Sequenzausrichtung und der phylogenetischen Analyse zunehmend realisiert wird, wird der Bedarf an sekundären Strukturmodellen für diverse taxonomische Gruppen presst. Maximales Gewichtsabgleich (MWM) ist der graphische theoretische Ansatz zur Infektion der RNA-Sekundärstruktur, die ein erhebliches Versprechen zeigt. Es ist als Eingabe eines Satzes von Base-Pairing-Scores, die aus einem Bereich von Quellen abgeleitet werden können, z. B. kostenlose Energieegedanken, gegenseitige Informationen oder experimentelle Daten. Diese Daten können als Faltgraph dargestellt werden, wenn die Scheitelpunkte ausgerichteten Positionen sind, und die Linien oder Kanten, die ein Paar von Scheitelpunkten verbinden, erhalten ein Gewicht, das proportional zur Beweise für diese Paarung proportional ist. Ein Abgleich ist ein Untergrafik des Faltgraphen, in dem kein Scheitelpunkt mit mehr als einem anderen Scheitelpunkt verbunden ist. Das Matching mit dem größten Gesamtkantengewicht ist die beste Schätzung der RNA-Struktur. Diese Übereinstimmung kann Informationen zur sekundären und tertiären Struktur wie Pseudoknots enthalten. MWM kann den Prozess der Vergleichsstrukturanalyse von RNA-Sequenzen erheblich beschleunigen und erfolgreich auf TRNA-, SRP-RNA- und 16-RRNA-Sequenzen getestet.

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