Prody Open Source Python-Paket für die Protein-Strukturdynamikanalyse
Jetzt downloaden

Prody Ranking & Zusammenfassung

Prody Stichworte

Analyse Protein Dynamik Protein analysieren Proteinanalyse

Prody Beschreibung

Open-Source-Python-Paket zur Analyse der Protein-Strukturdynamik Prody ist ein kostenloses Python-Paket für freie und Open-Source, um die Proteinstrukturdynamik zu analysieren. Es ermöglicht die quantitative Analyse heterogener experimenteller struktureller Datensätze und dem Vergleich mit theoretisch vorhergesagter Konformationsdynamik. Es ist von Ahmet Bakan in Bahar Labor an der Universität von Pittsburgh entworfen und entwickelt. Die Eingabe für den Prody ist die Atomkoordinaten des Abfrageproteins im PDB-Dateiformat oder einfach die PDB-ID oder die Single-Buchstaben-Aminosäuresequenz des Proteins. Schnelle und flexible Prody-Parser werden verwendet, um den entsprechenden Datensatz von PDB-Dateien vom PDB-FTP-Server abzurufen und ihre Koordinatendaten und andere relevante Informationen zu extrahieren. Prody gibt die dominanten Muster in der strukturellen Variabilität aus, die durch die Hauptkomponentenanalyse (PCA) der experimentellen Datensätze extrahiert werden, und die normalen Modi, die die intrinsische Dynamik von Proteinen, die durch Normalmodusanalyse (NMA), basierend auf elastischen Netzwerkmodellen (ENMS), die durch die Normalmodelle (NMA) beschrieben werden.

Prody Zugehörige Software