Prodar Suchen Sie PDB-Dateien für die strukturellen Ausrichtungen des Kandidatenproteins
Jetzt downloaden

Prodar Ranking & Zusammenfassung

Prodar Stichworte

Protein Reihenfolge PDB Protein Ausrichtung

Prodar Beschreibung

Prodar, auch bekannt als Proteinradar, ist als Suchwerkzeug gebaut, das den PDB für kandidatische strukturelle Ausrichtungen fragt. Der Eingang an die Suche ist eine Protein-Backbonstruktur, die aus einer Standard-PDB-Datei (Text) gelesen wird, und die zurückgegebenen Ergebnisse basieren ausschließlich auf struktureller Ähnlichkeit des Rückgrates ohne Ansicht auf Sequenzinformationen. Prodar identifiziert partielle Übereinstimmungen, so dass ein relativ kleiner Abschnitt der Abfragestruktur unabhängig von der relativen Größe der Ketten gegen Abschnitte anderer Strukturen in der PDB angepasst werden kann. Die Absicht ist, dass das Werkzeug in ansonsten unähnlichen Proteinstrukturen häufige Domänen und Motive automatisch identifiziert. Diese können dann strukturell in einem anderen Werkzeug ausgerichtet sein, um eine RMSD zu finden (Prodar macht nur Vorschläge).

Prodar Zugehörige Software