Phylip ein Paket von Programmen zur Infektion von Phylogenies
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Phylip Ranking & Zusammenfassung

Phylip Stichworte

evolutionärer Baum Parsimonie Phylogene

Phylip Beschreibung

Das Phylogene-Inferenzpaket (Phylip) ist ein Paket von Programmen zum Inferrieren von Evolutionärbäumen (Phylogenies). Zu den Methoden, die im Paket verfügbar sind, umfassen Parsimony-, Distanzmatrix- und Wahrscheinlichkeitsmethoden, einschließlich Bootstrapping- und Konsensbäumen. Datentypen, die behandelt werden können, umfassen molekulare Sequenzen, Genfrequenzen, Restriktionsstellen und Fragmente, Entfernungsmatrizen und diskrete Zeichen. Die Programme werden über ein Menü gesteuert, das die Benutzer auffordert, welche Optionen sie einstellen möchten, und ermöglicht es ihnen, die Berechnung zu starten. Die Daten werden in das Programm aus einer Textdatei eingelesen, mit der der Benutzer mit einem beliebigen Word-Prozessor oder einem Texteditor vorbereiten kann (aber es ist wichtig, dass diese Textdatei nicht im speziellen Format dieses Textprozessors ist - es sollte stattdessen in sein "flacher ASCII" oder "Nur Text" -Format). Einige Sequenzanalyse-Programme wie das Clustalw-Alignment-Programm können Datendateien im Phylip-Format schreiben. Die meisten Programme suchen nach den Daten in einer Datei namens "Infin" - wenn sie diese Datei nicht finden, bitten Sie den Benutzer, den Dateinamen der Datendatei einzugeben. Die Ausgabe wird auf spezielle Dateien mit Namen wie "Outfile" und "Outtree" geschrieben. Bäume, die auf "Outtree" geschrieben wurden, befinden sich im Newick-Format, ein informeller Standard, der 1986 von Autoren einer Reihe großer Phylogene-Pakete einverstanden ist. Holen Sie sich Phylip und versuche es, seine Fähigkeiten vollständig zu beurteilen!

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