Oslay

Sequenzabgleich leicht gemacht.
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Oslay Ranking & Zusammenfassung

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  • Rating:
  • Lizenz:
  • Freeware
  • Name des Herausgebers:
  • Daniel C. Richter
  • Betriebssysteme:
  • Windows All
  • Dateigröße:
  • 2.8 MB

Oslay Stichworte


Oslay Beschreibung

Oslay ist ein praktisches Stück von Software, das synchronisiert ist, Synteny zwischen anpassenden Sequenzen in einer Zielanordnung und einer Referenzbaugruppe zu verwenden, um die Konstigs (oder Gerüste) in der Zielanordnung anzulegen. Das Tool bietet eine interaktive Visualisierung des berechneten Layouts und das Ergebnis kann in das Montage-Bearbeitungs-Tool importiert werden, um das Design von Primerpaaren für den Gradverschluss zu unterstützen. HINWEIS: KOSTENLOS für akademische Zwecke. Haupteigenschaften: liest zwei FASTA-Dateien (CONSTIGS von Zielbaugruppe und Referenzsequenz / Baugruppe) und eine BLAST / NUCMER-Datei kann beide Achsen gleichzeitig sortieren und bestellen, wenn Ziel- und Referenzsequenzen unfertige Anordnungen sind gilt für entweder auf procaryotische und eukaryotische Genome hat mehrere Möglichkeiten, Daten zu filtern und anzupassen, z. B. das Trimmen von unübertroffenen Contig-Enden, Filterung von Blast-Treffern, ... exportiert Ergebnisansichten auf mehrere grafische Formate (.jpg ,.gif ,.eps, .png und .svg.) ändert oder generiert eine neue ACE-Datei, die direkt in das vereinfachte Primer-Design installiert ist. bietet nützliche Zoom-Funktionen erleichtert die visuelle Analyse von Baugruppen und Metallassamenten, z. Auftreten von Rekombinationen bzw. Missememblasen.


Oslay Zugehörige Software