Ontopal ist speziell für ein Instrument für Benutzer von Sonding / Segmentierungspaketen außer Jinx. Es wurde so konzipiert, dass es möglich ist, "ontologisch korrekte" Objektnamen basierend auf dem Neuroscience Information Framework (NIF) oder subzellulare Anatomie Ontology (SAO) auf Ontologien erstellt.
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