Ngstools

Werkzeuge zur Analyse von NGS-Daten
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Ngstools Ranking & Zusammenfassung

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  • Rating:
  • Lizenz:
  • Freeware
  • Name des Herausgebers:
  • Bioinformatics Lab
  • Betriebssysteme:
  • Windows All
  • Dateigröße:
  • 77 KB

Ngstools Stichworte


Ngstools Beschreibung

NGStools ist ein Java-basiertes Paket, das darauf abzielt, ein Objektmodell bereitzustellen, um verschiedene Arten der Analyse der Sequenzierungsdaten der nächsten Generation zu ermöglichen. Das Paket bietet auch einige Dienstprogramme an, um Process-Reads, die an verschiedene Referenzgenome ausgerichtet sind, zu verarbeiten. Die wichtigsten Werkzeuge in diesem Paket sind SNVQ, eine genaue Erkennung von einzelnen Nukleotid-Varianten (SNV), einen Genotyping-Algorithmus aus Basis-Anrufen und Qualitätswerten sowie eine Regeleinstellung, um Leseausrichtungen an eine CCDS-Transkripts-Bibliothek mit Ausrichtungen derselben Lektüre an einen Referenz zu verschmelzen Montage. Das Format der Wahl, um Ausrichtungen in jedem Tool in diesem Paket in diesem Paket zu verarbeiten, ist SAM, mit dem NGStools mit häufig verwendeten Mapping-Programmen als Bowtie- und anderen Analysepaketen wie Samtools integriert werden können.


Ngstools Zugehörige Software

Snver

Erkennung seltener und gängiger Varianten in der Sequenzierung der nächsten Generation ...

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