Mesquite ist modular, erweiterbarer Antrag auf Evolutionärbiologie, der Biologen dabei unterstützt, Vergleichsdaten über Organismen zu organisieren und zu analysieren. Sein Schwerpunkt liegt auf der phylogenetischen Analyse, aber einige seiner Module betreffen die Bevölkerungsgenetik, während andere nicht phylogenetische multivariate Analyse dauern. Mesquite hat auch viele Funktionen zum Verwalten und Verarbeiten von Daten, einschließlich der Verarbeitung von Chromatogrammen, Sequenzausrichtungen, Bearbeitung morphometrischer Daten und andere.
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