McArign. Ausrichtung von nichtcodierenden DNA-Sequenzen basierend auf expliziten Modellen der Indel-Evolution
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McArign. Ranking & Zusammenfassung

McArign. Stichworte

Ausrichten Sequenz ausrichten DNA-Sequenz DNA-Sequenzausrichtung

McArign. Beschreibung

Eine zuverlässige Ausrichtung von Noncoding-DNA ist aufgrund des unbekannten Musters von Insertion / Löschungen (Indel) Ereignisse schwierig. Die Anzahl der Nukleotiddifferenzen (in rot dargestellt) unterscheidet sich radikal zwischen den alternativen Ausrichtungen, aber ohne andere Informationen ist es unmöglich zu sagen, was der plausible ist. McArign tuckert dieses Problem, indem Sie Sequenzen mit einem expliziten Modell der Indel-Evolution ausrichten, und findet die wahrscheinlichste Ausrichtung für ein Paar von Sequenzen oder drei Sequenzen der ky-phylogenetischen Beziehung. Das Indel-Evolutionsmodell verfügt über zwei Parameter: (1) Theta, die Frequenz-Indels relativ zur Häufigkeit der Nukleotidersubstitution; (2) W, ein Vektor der relativen Frequenzen von Indanzeln unterschiedlicher Länge. Modelle für einige Taxa werden geliefert, oder ein neues Modell kann vom Benutzer eingerichtet werden. McArign ist ein monte Carlo-basiertes Programm, das zwei oder drei Sequenzen ausrichten kann. Holen Sie sich McArign und versuche es, seine Fähigkeiten vollständig zu bewerten!

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