Masschroq. Masschromatogramm-Quantifizierungssoftware
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Masschroq. Ranking & Zusammenfassung

Masschroq. Stichworte

Chromatogramm Quantifizierung

Masschroq. Beschreibung

Masschroq ist ein spezialisiertes und vielseitiges Instrument, das Quantifizierungen an den Daten ausführt, die aus flüssigen Chromatographie-Massenspektrometrie (LC-MS) -Techniken erhalten werden. MassChoq kann auch verwendet werden, um Ausrichtungen, XIC-Extraktionen und Peakdetektionen auszuführen. Darüber hinaus kann MassChoq verwendet werden, um: · Analysieren von Daten, die von beiden Spektrometersystemen mit hoher Auflösung erhalten wurden; · Analysieren Sie etikettenfrei sowie isotopische markierte Daten (z. B. SILAC, ICAT, N-15, C-13 usw.); · Time-effizient ein großer Betrag anders analysierter Proben in einem Schuss (durch Gruppieren ähnlicher Muster und bietet die Möglichkeit, die Analyse jeder Gruppe zu ergänzen). · Berücksichtigen Sie komplexe Datenbehandlungen als Peptid- oder Proteinfraktionierung vor der LC-MS-Analyse (SCX, SDS-PAGE usw.); Haupteigenschaften: Analysieren von MZXML- und MZML-LC / MS-Datenformaten. Quantifizierung aller identifizierten Peptide der Proben und / oder einer gegebenen Liste von Masse über die Werte der Ladung (m / z) und / oder eine gegebene Liste von (m / z, Retentionszeit) Werten. Die identifizierten Peptide können automatisch in die Analyse von MassChoq integriert werden, indem Sie unsere X! Tandem-Pipeline verwenden (die die Identifikation ermittelt und die Ergebnisse in Masschroqml-Format ausführt) oder über TSV-Dateien (Registerkarte separate Werte), die die Identifikationsergebnisse enthalten, die von anderen Identifikationssoftware erhalten werden . Zwei Ausrichtungsmethoden stehen zur Verfügung: Die Obi-Kett-Ausrichtung von Drittanbietern basierend auf den Daten der MS-Level-1-Daten ist in Masschroq integriert, und die inhouse entwickelte MS2-Ausrichtung basierend auf der Information von MS Level 2. Die Quantifizierung in Masschroq erfolgt auf XICS (extrahierte Ionenchromatogramme): Nach der XIC-Extraktion und Filterung werden Peaks mit morphologischen Transformationen detektiert (Details finden Sie in der Bedienungsanleitung). Peak-Bereiche (d. H. Quantifizierungswert) und Grenzen werden dann berechnet. Peak PASSING wird (nach der Ausrichtung falls vorhanden) wie folgt durchgeführt: einem erfassten Peak wird einem identifizierten Peptid zugeordnet, falls und nur, wenn sich die (ausgerichtete) Retentionszeit dieses Peptids in den Spitzengrenzen befindet. Das Peak-Matching in Masschroq kann in zwei Runden durchgeführt werden: eine erste während der Quantifizierung, und sobald die Quantifizierung abgeschlossen ist, kann der Benutzer eine zweite, verbesserte Peak-Matching-Runde durchführen, wobei die Retentionszeiten der zuvor übereinstimmenden Peaks berücksichtigt wird. Verschiedene Xic-Filter sind verfügbar: Umzug von Median / Mittelfiltern, um das Signal-, Hintergrund- und Grundliniengeräuschentfernungsfilter, Anti-Spike-Filter zu glätten, um Spikes zu entfernen, die durch einige hochauflösende Spektrometer, morphologische Filter usw. verursacht werden. Der Benutzer kann die Ergebnisse in TSV, Gnumeric, XHTML- und MassChoqml-Formaten exportieren. Sie sind bereit für den automatischen Einsatz in der statistischen Software (wie R) oder für manuelle / visuelle Erkundung. Die Auswertung von Masschroq auf komplexe labelfreie Daten, die sowohl mit niedrigem und hochauflösender Massenspektrometer erzielt wurden, erlaubte die Messung von niedrigen CVs für die technische Reproduzierbarkeit (1,4%) und hohe Koeffizienten der Korrelation in der Proteinmenge (0,98)

Masschroq. Zugehörige Software