Magisches Werkzeug

Microarray-Genom-Bildgebung und Clustering-Werkzeug
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Magisches Werkzeug Ranking & Zusammenfassung

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  • Rating:
  • Lizenz:
  • GPL
  • Name des Herausgebers:
  • Laurie Heyer
  • Betriebssysteme:
  • Windows All
  • Dateigröße:
  • 17.1 MB

Magisches Werkzeug Stichworte


Magisches Werkzeug Beschreibung

Magic Tool ist eine Java-basierte Windows-Anwendung, deren Zweck dabei ist, DNA-Microarray-TIFF-Dateien zu analysieren und vergleichende Hybridisierungsdaten (Glaschips) und AffyMetrix-Informationen zu verarbeiten. und stellen Sie es direkt auf Ihrem Computer bereit, ohne einen Installationsvorgang durchlaufen zu müssen. Außerdem wird Ihre Windows-Registrierung nicht mit unnötigen Einträgen aufgebläht. Sie können es auf einem beliebigen USB-Flash-Laufwerk oder anderen Geräten speichern und nehmen Sie an. Benutzer-InterfaceMagic-Tool übernimmt ein sauberes Layout, mit dem Sie Dateien in der Arbeitsumgebung mit der integrierten Durchsuchungs-Schaltfläche hinzufügen können (keine Unterstützung für Drag & Drop). Sie können eine Vorschau des Inhalts der Datei, untersuchen Sie es mit den Zoom-In- und OUT-Funktionen, passen Sie das Bild auf den Bildschirm, stellen Sie die oberen linken und rechten Flecken ein, legen Sie die untere Zeile fest, geben Sie die unterste Zeile an, und passen Sie die Anzahl der Zeilen und Spalten an. Die Definition neuer ProjectHhe-Anwendung nutzt Projekte zum Speichern von Details und Konfigurationseinstellungen über die importierten Daten und die Durchführung von Berechnungen. Projekte können gespeichert und für zukünftige Bearbeitungsaufgaben hinzugefügt werden. Sie können Elemente mit unterschiedlichen Dateiformaten (TXT, JPEG, TIF, GIF, Raster, Info oder Flag) importieren, den Inhalt eines gesamten Ordners hinzufügen, Dateien in den Projektordner einfügen und das Projekt aktualisieren (die Anpassungen werden automatisch angewendet), Sowie das rote und grüne TIFF-Bildpaare laden. Darüber hinaus können Sie die Gen-Liste laden und ein neues Raster erstellen oder einen gespeicherten Einspeichern hinzufügen. Wenn es um die Gitter-Erstellung geht, können Sie die Gesamtzahl der Netze in der TIFF-Datei eingeben, die Spot-Orientierung innerhalb der Gitter (horizontal oder vertikal) angeben, den Kontrast anpassen, um die Beleuchtung von schwachen Flecken, das Center-Stromnetz, die Gitterstandortinformationen einzugeben, eingeben Verwenden Sie drei Klicks (Einstellen der oberen Linke und der rechten Flecken und der unteren Zeile), stellen Sie das Gitter an die Center-Spots an, erstellen Sie mehrere Gitter und fahnen Sie problematische Flecken (optional). Das Signal aus dem Rauschen unterscheiden, eine Reihe von Clustern generieren und das moremagische Werkzeug bietet Ihnen die Möglichkeit, das Signal vom Hintergrund aus zu unterscheiden und Ausdrucksdatei zu generieren. Sie können zwischen verschiedenen Methoden zum Unterscheiden von Signal aus dem Hintergrund, nämlich fixierter oder adaptiver Kreis, wachsender Wachstumswachstumsbereich des Samenbereichs (zum Finden des Signals für jeden Punkt basierend auf der Verteilung des Signals), oder Verhältnisverfahren (rot Vordergrund und Hintergrund oder grün ausgelegt) wählen Vordergrund und Hintergrund, um das Verhältnis für jede Funktion auf dem Microarray zu bestimmen). Darüber hinaus können Sie mehrere Schritte für experimentelle Bedingungen in Ihrer Studie wiederholen, Daten manipulieren (Transformation, Normalisieren, Limitdaten, Filtern oder Scramble), Hinzufügen von Geninfo in Expression-Datei, fügen Sie Ihre Daten, indem Sie unnötige Gene entfernen, Unnötige Gene entfernen, Unnötiger Die Unterschiede zwischen jedem Paar von Genexpressionsmustern), erstellen eine Reihe von Clustern, erstellen eine Liste von Aufgaben, die in der Folge ausgeführt werden sollen, und vergleichen die Folgen verschiedener Auswahlmöglichkeiten zum Quantifizieren, Vergleichen und Clusterieren desselben RAW-Datensatzes. Bottom lineall Insgesamt erweist sich das magische Instrument als ein zuverlässiges Werkzeug, das als leistungsfähiges Bildungsinstrument verwendet werden kann, um den Studenten dabei zu helfen, DNA Microarray TIFF-Dateien zu erforschen und zu verarbeiten. Bewertet von Ana Marculscu, letztes Updated am 20. Oktober 2014


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