JMOTU. Barcode-DNA-Sequenz-Datenanalyse leicht gemacht.
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JMOTU. Ranking & Zusammenfassung

JMOTU. Stichworte

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JMOTU. Beschreibung

JMOTU ist ein praktisches, einfach zu bedienendes Paket, das speziell entwickelt wurde, um Ihnen beim Cluster-Barcode-DNA-Sequenzdaten in molekulare operative taxonomische Einheiten (Motu) zu unterstützen. Wenn Sie nicht sicher sind, was für ein Motu ist, lesen Sie bitte die DNA-Barcoding-Seiten auf unserer Website. JMOTU tut das Folgende: · Liest Eingabesequenzen in FASTA- oder NEXUS-Format · Berechnet Entfernungen zwischen Paaren von Sequenzen mit einer Kombination von BLAST und dem benutzerfrequenten, wassen globalen Ausrichtalgorithmus · Cluster-Eingangssequenzen in Motu mit verschiedenen Cutoff-Maßnahmen JMOTU kann große Datensätze verarbeiten und verwenden eine Reihe von Filterschritten, um die Anzahl der exakten globalen Ausrichtungen zu minimieren, die ausgeführt werden müssen. Bei der Berechnung der paarweiten Entfernungen ignoriert JMOTU Lücken und zählt nur Nukleotid-Mis-Matches, wodurch es relativ robust ist, um Sequenzierungsfehler, die durch Homopolymerläufe verursacht werden, relativ robust, um zu streichen. Das Clustering wird mit einem gierigen Algorithmus durchgeführt, der nicht von der Eingabesequenzreihenfolge abhängig ist. JMOTU wurde auf Rohdatensätzen von rund 50.000 Eingangssequenzen getestet und können größere Datensätze angreif, indem sie ein Formular von Untermengen von Daten vorformen, bevor sie für eine globale Analyse kombiniert werden.

JMOTU. Zugehörige Software