Imas

Anzeigen und Analysieren genomischer Informationen mit Hilfe dieser Anwendung.
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Imas Ranking & Zusammenfassung

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  • Rating:
  • Lizenz:
  • GPL
  • Name des Herausgebers:
  • Chris Shaw
  • Betriebssysteme:
  • Windows NT / 2K / XP / Vista
  • Dateigröße:
  • 26.8 MB

Imas Stichworte


Imas Beschreibung

IMAS oder das interaktive multigenomische Analysesystem ist ein neues visuelles Analytics-System, das speziell für die Erkennung von Wissen in genomischen Informationen entwickelt wurde. Imas ermöglicht es genomischen Wissenschaftlern, eine Reihe von mikrobiellen genomischen Sequenzen mit Werkzeugen wie Glimmer, BLAST, CLUSTALW, Primer3 und Transterm schnell zu analysieren und die Leistung dieser Werkzeuge in einem einheitlichen genomischen Rahmen zu visualisieren. IMAS stellt dem Benutzer eine 1-dimensionale Zoom-grafische Schnittstelle zu einer genomischen Sequenz bereit. Der Benutzer kann mit der Sequenz interagieren, um die Analyse für das Vorhandensein von Codierbereiche zu analysieren, die durch Sequenzausrichtung mit lokalen und entfernten Datenbanken unter Verwendung von Blast weiter analysiert werden können. BLAST-Ergebnisse werden in einem einheitlichen grafischen Framework angezeigt, mit dem der Benutzer filtern und angesetzte Treffer von Interesse auswählen kann. Ausgewählte Blast-Treffer können dann mit ClustalW multialigniert sein, und diese Multialignments werden mit dem gemeinsamen grafischen Rahmen angezeigt. Multialignments und paarweise Ausrichtungen können vom Benutzer für zukünftige Referenz angeboten werden, und HTML-Berichte können erstellt werden, die diese Erkenntnisse anzeigt. Haupteigenschaften: Zoomable Benutzeroberfläche - schnell! Läuft Analyseprogramme lokal (Blast, Glimmer, Clustal ...) Imas BLAST kann NCBI NR Datenbank suchen läuft HMMPFAM auf der lokalen Kopie von PFAM-Daten kann BLAST-DBS von InSDSEQ XML-Dateien erstellen


Imas Zugehörige Software

Oktave

High-Level-Sprache, in erster Linie für numerische Berechnungen bestimmt ...

422 43.5 MB

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