Hauch

sucht nach Bakteriophagen-Genomsequenzen für Blöcke, die Sequenzähnlichkeit anzeigt.
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Hauch Ranking & Zusammenfassung

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  • Rating:
  • Lizenz:
  • Freeware
  • Name des Herausgebers:
  • Katholieke Universiteit Leuven
  • Betriebssysteme:
  • Windows All
  • Dateigröße:
  • 4.2 MB

Hauch Stichworte


Hauch Beschreibung

Das Phire-Programm, ein eigenständiges Programm in Visual Basic, führt eine algorithmische String-basierte Suche auf Bacteriophage-Genomsequenzen durch, die Blöcke entdeckt und extrahiert werden, die die Sequenzähnlichkeit anzeigt, entsprechend konservierten regulatorischen Elemente, die systematisch in diesen Genomen enthalten sind, ohne vorherige experimentelle oder Prädiktives Wissen. Hauch vergleicht systematisch alle DNA-Substrings einer bestimmten Länge (L) miteinander und ermöglicht, dass eine begrenzte Anzahl von Nichtübereinstimmungen (Degeneration d) sortiert und die größten Sätze (Dominantnum) von Substrings, die einen einzigartigen Konsens darstellen, zu sortieren und zu extrahieren, der einen einzigartigen Konsens darstellt. Auf diese Weise wird das gesamte Genom auch auf dem Watson- und Crick-DNA-Strang analysiert. Um die Sequenzen um die Konsenssequenz zu visualisieren, kann die Fenstergröße (W) angepasst werden, um die Sequenzen links und rechts von jeder ausgewählten DNA-einzelnen Zeichenfolge aufzunehmen.


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