Haploview. Haplotypanalyse leicht gemacht.
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Haploview. Ranking & Zusammenfassung

Haploview. Stichworte

Analyse Analysieren Prüfen Haplotype-Schätzung. Haplotyp schätzen. Gemeinsamer Haplotyp. Haplotyp ziehen. Haplotyp malen Haplotyp. Haplotypbaum Haplotyp-Inferenz Haplotyp beschreiben. Sequenz zum Haplotyp. Haplotypanalyse. Haplotyp-Blockanalyse. HAPLOTYPE Association Test. Haplotyp-Assoziation Haplotyp-Daten Y-chromosomaler Haplotyp

Haploview. Beschreibung

Die Haplotyp-Analyse ist für molekulargenetische Tests ausgelegt, um DNA-Segmente zu identifizieren, die Ähnlichkeiten teilen. HAPLOView wurde erstellt, um die Aufgaben in Bezug auf eine solche Analyse zu verbessern. Die Anwendung ist Java-basiert, wodurch es plattformiert ist, und es ist nicht erforderlich, einen Installationsvorgang durchzusetzen.Sportierte Dateiformate und Optionslooks sind einfach und auf den Punkt, mit einem einzelnen Panel, das das Laden von bis zu fünf Dateien akzeptiert Formate: Standard-Verknüpfung, Daten-Dumps aus HAPMAP-Projekt, Phase oder Plink. Es gibt auch Unterstützung, indem Sie mehrere Dateien laden, indem Sie die Befehlszeile "-batch" anwenden. Unabhängig von dem in der Anwendung geladenen Dateiformat können die gleichen Parameter angepasst werden. Diese beziehen sich auf den kairen Vergleich von Markern, der sich über einem vom Benutzer angegebenen Wert befinden kann (der Standardeinstellung ist auf 500 kb eingestellt). Ein zweiter Parameter bezieht sich auf die Menge an Genotypen, die in Einzelpersonen fehlen. Je nach dem Benutzersatzwert können diese Personen von der Analyse ausgeschlossen werden. Weitere Konfigurationseinstellungen sind für einige der unterstützten Dateiformate verfügbar. Bei Standard-Verknüpfungsbenutzern haben die Benutzer die Möglichkeit, Association Testing, Family Trio-Daten zu aktivieren oder eine Testdatei zu laden. Nach dem Laden einer solchen Datei gibt es verschiedene verfügbare Displays, zu denen LD-Plot, Haplotypen, Heckmarkierungen oder Tagger gehören (kombiniert paarweise Methoden mit der potenziellen Effizienz von Multimarker-Ansätzen). Mit dem Phasenformat kann der HAPMAP-Info-Track heruntergeladen werden, wenn eine Internetverbindung vorliegt. FunktionalitätDas Programm kann zum Ausführen von LD- und Haplotyp-Analysen sowie zur Schätzung der Haplotypfrequenz in der Population verwendet werden. Die Liste der Funktionen unterstützt auch die Permutationstests, die die Verbandsanzeige offenbaren könnten. FACClusionHAPLOView ist ein Programm mit wissenschaftlichen Anwendungen, das mehrere Aufgaben in Bezug auf den Prozess der Haplotypanalyse unterstützt. Es kann von den mit dem Thema vertrauten Studierenden verwendet werden, und es ist auch flexibel in Bezug auf Funktionalität und Benutzerfreundlichkeit. Bewertet von ionut ilascu, letztes Updated am 7. März 2014

Haploview. Zugehörige Software