GEDI-ADSX.

Genotyp-Fehlererkennung und -inklage für gemischte Populationen
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GEDI-ADSX. Ranking & Zusammenfassung

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  • Rating:
  • Lizenz:
  • Freeware
  • Name des Herausgebers:
  • Bioinformatics Lab
  • Betriebssysteme:
  • Windows All
  • Dateigröße:
  • 7.3 MB

GEDI-ADSX. Stichworte


GEDI-ADSX. Beschreibung

GEDI-ADSMX ist eine Anwendung, die zum Umgang mit Genotypdaten von unabhängigen Personen aufgebaut ist. Local Acrestry Inferenz verwendet ein faktorisches HMMs, das auf Ahnenhaplotypen ausgebildet ist, um Genotypen an allen typisierten SNP-Loci unter jeder möglichen lokalen Abstammung einzustellen. GEDI-ADMSX weist jedem Ort der lokalen Abstammung zu, der die höchste Richtigkeit der Imputationsgenauigkeit ergibt, wie unter Verwendung eines gewichteten Abstimmungsschemas, das auf mehreren SNP-Fenstern basiert, die auf den interessierenden SNP-Windows basiert. Fehlererkennung und Imputation fehlender Genotypen bei typisierten SNPs erfolgt mit Multilocus-Genotypwahrscheinlichkeiten berechnet auf basierend auf dem FACTIAL HMM, der der abgeleiteten lokalen Abstammung entspricht. Die Imputation von Genotypen an jedem unverletzten SNP wird auf der Grundlage von posteriorer Genotypwahrscheinlichkeiten berechnet, die mit einem ähnlichen FACTIAL HMM-Spanning K (Standard K = 10) berechnet, der vor und nach dem implizierten Locus typisierten SNPs tippt. Das GEDI-ADMX-Paket bietet Methoden für: · Lokale Abstammung in Folge · SNP-Genotyp-Fehlererkennung und -korrektur · Imputation von fehlenden Genotypen bei typisierten SNPs und · Imputation von Genotypen bei unglücklichen SNPs.


GEDI-ADSX. Zugehörige Software

Snver

Erkennung seltener und gängiger Varianten in der Sequenzierung der nächsten Generation ...

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