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Marker Kartographie Genetik

Fonzie Beschreibung

Fonzie ist eine Python-basierte Informatik-Anwendung, die für die genetische Kartographiespezialität erstellt wurde. Mit Fonzie können Sie Marker auf einer Reihe von Sequenzen finden und auch Oligonukleotide assoziieren. Fonzie ruft Tandem-Wiederholungsfinder auf der Input-Nucleic-Sequenzdatei (FASTA-Format). Jeder Marker wird in Bezug auf verschiedene Kriterien (Größe, Prozent der Übereinstimmungen, Präsenz in bestimmten Bereichen der Eingangssequenz) geprüft. Dann wird die Empfindlichkeit von Markers eingerichtet, indem er einen Strahl gegen eine Datenbank mit Nuklein-Sequenzen (der die Eingabedatei einschließt) ausführt. Diese Datenbank muss vor der Verwendung von Fonzie erstellt werden. Im nächsten Schritt sind Primerpaare mit Primer3 für die ausgewählten Marker ausgelegt. Fonzie testen dann die Empfindlichkeit des Amplifikationsprodukts mit Explosion gegen die Datenbank. Die Ausgabedateien von Fonzie sind eine tab-getrennte Textdatei, einschließlich Daten auf Markierungen und Primern, einer DAT-Datei, eine Ausgabe von TRF und 3-Verzeichnissen, die die Marker-Sequenz in FASTA, der Amplification-Produktsequenz in FASTA, der Amplification-Produktsequenz in FASTA, der Amplification-Produktsequenz, in FASTA, der Amplification-Produktsequenz in FASTA, der Amplification-Produktsequenz, ist Für jeden Marker.

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